人体トランスクリプションエフェクターの高通量発見と特徴付け
Josh Tycko1, Nicole DelRosso2, Gaelen T Hess1
1Department of Genetics, Stanford University, Stanford, CA 94305, USA.
Cell
|December 16, 2020
まとめ
この研究では,トランスクリプションエフェクタ機能を持つ核タンパク質を特定するための新しい測定法であるHT-recruitを導入します. 新しい活性化剤と抑制剤を明らかにし 600のヒトのタンパク質を 特定した機能を備えた資源を生み出します
科学分野:
- 分子生物学
- ゲノミクス
- タンパク質機能分析
背景:
- 何千もの核タンパク質が存在するが,その特定の転写役割はほとんど不明である.
- 遺伝子発現を調節するタンパク質を特定することは 細胞のプロセスを理解するために不可欠です
研究 の 目的:
- タンパク質内の転写エフェクタドメインを識別するためのスケーラブルな方法を開発する.
- 遺伝子調節機能の特徴を持つヒトタンパク質の包括的なリソースを作成する.
主な方法:
- タンパク質募集,レポーター遺伝子解析,および高通量配列を組み合わせたプーリングアッセイであるHT-レクルートを開発した.
- タンパク質とタンパク質の相互作用の表面と 機能的な部位をマッピングするために 深い変異スキャニングを適用しました
- 最小限の機能領域を特定するために 238個のタンパク質をタイルした.
主要な成果:
- 何千ものタンパク質ドメインの転写活性化と抑制活動を特定した.
- 抑制機能と進化年齢 (KRAB領域) とホックス遺伝子組織 (ホメオドメイン抑制器) の間の相関を発見した.
- 異なるKRABを含む新しい活性化ドメインを特徴付け,短い抑制ドメイン (10アミノ酸ほど小さい) を特定した.
結論:
- HT-recruitは,タンパク質ドメインに機能を代入するための強力でスケーラブルな戦略です.
- この研究は,特定された転写エフェクタ機能を持つ600のヒトタンパク質の貴重なリソースを提供します.
- この研究は,核タンパク質による遺伝子調節の理解を進めている.
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