基本エディタスクリーンでヒトの多様性を大量に並行的に評価する

Ruth E Hanna¹, Mudra Hegde¹, Christian R Fagre²

¹Genetic Perturbation Platform, Broad Institute, Cambridge, MA 02142, USA.

Cell

|February 19, 2021

まとめ

この研究は,基因変異の機能的影響を迅速に決定するスケーラブルなCRISPR-Cas9塩基編集スクリーニング方法を導入します. このアプローチは病気を引き起こす変異を正確に特定し薬剤耐性メカニズムを明らかにします

科学分野:

遺伝学
分子生物学
バイオテクノロジー

背景:

シングル・ヌクレオチド・バリエーション (SNV) の特徴づけは,疾患の遺伝学を理解するために極めて重要です.
変種特徴の現在の技術は,スケーラビリティとスループットが制限されています.

研究の目的:

CRISPR-Cas9塩基エディターを使用して,哺乳類の細胞内の内生的な場所でのSNVを測定するためのスケーラブルなスクリーニング方法を開発し,検証する.
塩基エディタスクリーンの有用性を実証し,薬物変異の相互作用を調査し,DNA損傷修復遺伝子の変異を特定する.

主な方法:

CRISPR-Cas9 塩基エディタをプーリングスクリーンで使って,何千ものSNVを測定した.
ポジティブとネガティブの選択画面でのベンチマークベースエディター性能.
単一ガイドRNA (sgRNA) のライブラリを作成し,3,584の遺伝子にわたる52,034のClinVar変異をターゲットにしました.

主要な成果:

BRCA1とBRCA2の既知の機能喪失変異を特定する高い精度を達成しました.
BH3模倣剤やPARP阻害剤に対する薬剤感受性または耐性を与える特定された点変異.
細胞ストレス下でのDNA損傷修復遺伝子の機能喪失変異を発見した.

結論:

CRISPR-Cas9 塩基エディタスクリーンでは遺伝子変異を機能化するための拡張可能で効率的なプラットフォームを提供します
このアプローチは,病気と薬物反応における遺伝的変異の影響を理解することを加速します.
この方法は,高通量機能的ゲノミクスと変種解釈に広く適用できます.

キーワード:

CRISPRについてクリンヴァー DNA 損傷パルピアポトーシスベース編集遺伝子スクリーニング

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