湖北省におけるSARS-CoV-2インデックス症例のタイミング
Jonathan Pekar1,2, Michael Worobey3, Niema Moshiri4
1Bioinformatics and Systems Biology Graduate Program, University of California San Diego, La Jolla, CA 92093, USA.
Science (New York, N.Y.)
|March 19, 2021
まとめ
最初の重症急性呼吸器症候群新型コロナウイルス2 (SARS-CoV-2) の症例は,2019年10月中旬から11月中旬の間に中国で発生した可能性が高い. ほとんどの動物性感染症は自己限定的なもので,伝染病原体の監視のギャップを示しています.
科学分野:
- 流行病学について
- ウイルス学
- ゲノミクス
背景:
- SARS-CoV-2の正確な発生タイミングは,動物性病原体監視とCOVID-19の封じ込めの失敗を評価するために重要である.
- 早期のウイルスの動態を理解することで,新たな感染症の流行に関する戦略を策定できます.
研究 の 目的:
- SARS-CoV-2 の可能性のある発生間隔を決定する.
- SARS-CoV-2のような動物性感染症の自己制限の可能性を評価する.
- 伝染性の高い病原体に対する現在の動物性感染症の監視の限界を特定する.
主な方法:
- リトロスペクティブ分子時計の推論を統合したコアレスセント・フレームワークを使用した.
- ウイルスの循環をモデル化するために先行的な疫学シミュレーションを使用した.
- SARS-CoV-2の最も最近の共通の祖先 (TMRCA) の時期を推定するために,ゲノムデータを分析した.
主要な成果:
- 2019年10月中旬から11月中旬の間,中国湖北省で最初のSARS-CoV-2症例の出現を推定した.
- 可能性のあるSARS-CoV-2のような動物性感染症の3分の2以上は,自己限定的であることが示された.
- 中程度の死亡率を持つ高度に伝染する病原菌は,既存の動物性感染症の監視に課題をもたらすことを示した.
結論:
- SARS-CoV-2の早期の出現と動態は,封じ込めのための潜在的な機会を逃したことを示唆しています.
- 現行の動物性感染症の監視は,急速に広がり,適度に致命的なウイルスを検出するのに不十分である可能性があります.
- 新たな感染症の脅威に対処するために,監視戦略のさらなる精細化が必要である.
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