集団規模の組織トランスクリプトミクスは,長い非コーディングRNAを複雑な疾患にマッピングする

Olivia M de Goede¹, Daniel C Nachun², Nicole M Ferraro³

¹Department of Genetics, Stanford University, Stanford, CA 94305, USA.

|April 17, 2021

まとめ

研究者は,遺伝子および遺伝子発現データを用いて,疾患に関連した長い非コーディングRNA (lncRNA) 遺伝子を特定した. 多くの特定された lncRNA 遺伝子特性のリンクは,タンパク質をコードする遺伝子とは独立しており,新しい生物学的な洞察を明らかにした.

科学分野:

ゲノミクス
分子生物学
バイオ情報学

背景:

長い非コーディングRNA (lncRNAs) は細胞機能において重要な役割を果たします.
何千もの病気に関連する lncRNA を特定することは依然として困難です.

研究の目的:

病気と特性の関連性に関する lncRNA 遺伝子を体系的に特徴づける.
lncRNAsの表現,遺伝子調節,細胞文脈,および特性の関連性をプロファイルする.

主な方法:

ゲノタイプ組織表現 (GTEx) プロジェクト v8 のデータを活用した.
lncRNA遺伝子の14,100の遺伝子と多組織トランスクリプトミックのデータを分析した.
49の組織と101の複雑な遺伝的特徴の関連を調べた

主要な成果:

特定された1,432の lncRNA 遺伝子特性関連.
隣接するタンパク質をコードする遺伝子の強い影響とは無関係な800の関連性が見つかりました
炎症性腸疾患,糖尿病,冠動脈疾患に lncRNAの定量特征ロキスを関連付け,ボディマス指数への珍しい変異関連が見つかりました.

結論:

この研究は,lncRNA遺伝子特性の関連性に関する包括的なリソースを提供します.
複雑なヒトの特徴や病気に対する lncRNA の独立した貢献を強調する.
一般的な病気の遺伝的基礎を理解するための新しい道を提供しています.

キーワード:

GTEx (グーテックス)共同表現コロカライゼーション複雑な特徴病気 eQTL について表現定量的な特性の位置 lncRNA について長い非コーディングRNA

さらに関連する動画

09:36

RNA Pull-down Procedure to Identify RNA Targets of a Long Non-coding RNA

Published on: April 10, 2018

25.8K

10:12

Droplet Barcoding-Based Single Cell Transcriptomics of Adult Mammalian Tissues

Published on: January 10, 2019

18.8K

関連する概念動画

02:39

lncRNA - Long Non-coding RNAs

3.1K

02:39

lncRNA - Long Non-coding RNAs

9.3K

In humans, more than 80% of the genome gets transcribed. However, only around 2% of the genome codes for proteins. The remaining part produces non-coding RNAs which includes ribosomal RNAs, transfer RNAs, telomerase RNAs, and regulatory RNAs, among other types. A large number of regulatory non-coding RNAs have been classified into two groups depending upon their length – small non-coding RNAs, such as microRNA, which are less than 200 nucleotides in length, and long non-coding RNA...

9.3K

03:21

RNA-seq

10.9K

RNA sequencing, or RNA-Seq, is a high-throughput sequencing technology used to study the transcriptome of a cell. Transcriptomics helps to interpret the functional elements of a genome and identify the molecular constituents of an organism. Additionally, it also helps in understanding the development of an organism and the occurrence of diseases.
Before the discovery of RNA-seq, microarray-based methods and Sanger sequencing were used for transcriptome analysis. However, while...

10.9K

02:24

Ribosome Profiling

3.8K

Ribosome profiling or ribo-sequencing is a deep sequencing technique that produces a snapshot of active translation in a cell. It selectively sequences the mRNAs protected by ribosomes to get an insight into a cell’s translation landscape at any given point in time.
Applications of ribosome profiling
Ribosome profiling has many applications, including in vivo monitoring of translation inside a particular organ or tissue type and quantifying new protein synthesis levels.
The technique...