単細胞タンパク質活性分析により,再発に関連した腎臓腫瘍マクロファージが特定される
Aleksandar Obradovic1, Nivedita Chowdhury2, Scott M Haake3
1Columbia Center for Translational Immunology (CCTI), Columbia University Irving Medical Center (CUMC), New York, NY 10032, USA; Department of Systems Biology, HICC, New York, NY 10032, USA.
Cell
|May 21, 2021
まとめ
研究者は,手術後の患者の再発を予測できるクリアセル腎臓がん (ccRCC) の特定のマクロファージ亜集団を特定しました. これらの発見は,CCRCCの新たなバイオマーカーと治療対象となる可能性がある.
科学分野:
- 腫瘍学
- 免疫学
- ゲノミクス
背景:
- 明らかに細胞性腎臓がん (ccRCC) は著しい異質性を示し,手術後の患者のアウトカムが変化します.
- 腫瘍の微小環境 (TME) を理解することは,ccRCCの進行を予測し,治療標的を特定するために不可欠です.
研究 の 目的:
- 単細胞RNA配列解析を用いてccRCC腫瘍の詳細なアトラスを作成する.
- ccRCC TME内の新しい細胞サブポピュレーションとそのレギュレータを特定する.
- ccRCCの再発の潜在的予後バイオマーカーを発見する.
主な方法:
- 治療前のccRCC患者からの腫瘍および隣接組織の単細胞RNA配列化 (scRNA-seq).
- 単細胞タンパク質の活性を定量化するために,VIPERアルゴリズムの適用.
- フローサイトメトリと空間的に解明された定量的な多スペクトル免疫光を用いた検証.
主要な成果:
- 細胞対細胞の相互作用を含む主要なTMEサブ集団とそのマスターレギュレータの特定
- TREM2/APOE/C1Qの発現率の高い腫瘍特異的なマクロファージサブ集団の発見
- TREM2/APOE/C1Qが,手術後に再発した患者の腫瘍に有意に濃縮されたことを検証した.
結論:
- TREM2/APOE/C1Q陽性マクロファージサブポピュレーションは,ccRCC再発の潜在的な予後バイオマーカーである.
- このマクロファージのシグネチャーは,標的型CCRCC治療の有望な候補である.
- 単細胞タンパク質の活性分析は,遺伝子発現のみによって,臨床的に重要なTME集団を明らかにします.
