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RNA-seq03:21

RNA-seq

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RNA sequencing, or RNA-Seq, is a high-throughput sequencing technology used to study the transcriptome of a cell. Transcriptomics helps to interpret the functional elements of a genome and identify the molecular constituents of an organism. Additionally, it also helps in understanding the development of an organism and the occurrence of diseases. 
Before the discovery of RNA-seq, microarray-based methods and Sanger sequencing were used for transcriptome analysis. However, while...
10.8K
Ribosome Profiling02:24

Ribosome Profiling

3.8K
Ribosome profiling or ribo-sequencing is a deep sequencing technique that produces a snapshot of active translation in a cell. It selectively sequences the mRNAs protected by ribosomes to get an insight into a cell’s translation landscape at any given point in time.
Applications of ribosome profiling
Ribosome profiling has many applications, including in vivo monitoring of translation inside a particular organ or tissue type and quantifying new protein synthesis levels.
The technique...
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Seq-Scopeを用いた空間トランスクリプトームの顕微鏡検査

Chun-Seok Cho1, Jingyue Xi2, Yichen Si2

  • 1Department of Molecular and Integrative Physiology, University of Michigan Medical School, Ann Arbor, MI 48109, USA.

Cell
|June 11, 2021
PubMed
まとめ
この要約は機械生成です。

Seq-Scopeは,トランスクリプトミックプロファイルのための光学顕微鏡解像度を達成する新しい空間バーコード技術です. この突破は,単細胞および亜細胞レベルで組織における空間的トランスクリプトームの異質性を詳細に視覚化することを可能にします.

キーワード:
RNAの捕獲空間トランスクリプトミクス大腸高解像度ヒストロジー肝臓分子バーコードscRNA-seq について空間単細胞分析サブセル分析

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科学分野:

  • 分子生物学
  • ゲノミクス
  • バイオテクノロジー

背景:

  • 現在の空間バーコード技術では解像度が限られており,トランスクリプトミアプロフィールの詳細な組織学的分析を妨げています.
  • 高解像度空間トランスクリプトミックは組織構造と細胞の異質性を理解するために不可欠です.

研究 の 目的:

  • 光学顕微鏡に匹敵する解像度を持つ新しい空間バーコード技術であるSeq-Scopeを導入する.
  • 様々なスケールで空間的トランスクリプトームの異質性を視覚化するSeq-Scopeの能力を実証する.

主な方法:

  • Seq-Scopeは,ランダムにバーコードされた単分子オリゴヌクレオチドの固体相増幅をIlluminaシーケンシングプラットフォームで利用しています.
  • 空間座標はバーコード付きクラスターに割り当てられ,その後,RNA捕獲分子を暴露するために処理されます.
  • これは約0.50.8μmのピクセルを作成し,技術の高解像度を定義します.

主要な成果:

  • Seq-Scopeは,組織区分 (例えば,肝臓,結腸) と炎症-線維症軸を含む複数の組織学的スケールにおける空間的トランスクリプトーム異質性を視覚化します.
  • この技術は単細胞型とサブタイプ,核や細胞質のようなサブ細胞構造を含む 細胞の構成要素を解決します
  • 組織部内のRNA分布の高解像度マッピングが実証された.

結論:

  • Seq-Scopeは,前例のない解像度を提供することで,空間トランスクリプトミア分析を大幅に進歩させています.
  • この技術は迅速で,単純で,正確で,アクセシブルで,生物医学研究者のための空間単細胞分析を容易にする.
  • 細かいスケールで組織組織と細胞の相互作用の詳細な調査を可能にします.