オープン・リアクション・データベース
Steven M Kearnes1, Michael R Maser2, Michael Wleklinski3
1Relay Therapeutics, Cambridge, Massachusetts 02139, United States.
Journal of the American Chemical Society
|November 2, 2021
まとめ
オープン反応データベース (ORD) は,機械学習アプリケーションの障壁を克服する化学反応データの標準化された構造を提供します. このオープンアクセスのイニシアチブは,コンピュータによる合成と反応予測を進めることを目的としています.
科学分野:
- 化学について
- データサイエンス
- コンピュータ化学
背景:
- 化学反応データは雑誌や研究室のノートブックなどの様々な情報源で 構造化されていません
- この標準化の欠如は,特に化学の機械学習モデルのトレーニングにおける下流アプリケーションを妨げています.
- 既存のデータ形式は,貴重な化学反応情報へのアクセスと利用に重大な障壁をもたらします.
研究 の 目的:
- オープン・リアクション・データベース (ORD) を導入し,オープンアクセス・スキーマとインフラストラクチャを導入する.
- 有機反応データの保存と共有を標準化する.
- アクセシブルなデータを介して高度な計算化学アプリケーションを容易にします.
主な方法:
- 有機反応データを構造化するためのオープンアクセスのスキーマを開発した.
- 化学反応に関する中央データレポジトリを設立しました
- スキーマ,データ,サポートコード,ユーザーインターフェイスを GitHub で公開しました.
- このスキーマは,高通量とフロー化学を含む様々な実験技術をサポートします.
主要な成果:
- オープン・リアクション・データベース (ORD) のスキーマとインフラストラクチャは,現在公開されています.
- ORDは,幅広い化学反応タイプと実験セットアップをサポートしています.
- 構造化された有機反応データの集中リポジトリが確立されています.
- 公開可能なコードとインターフェースは,データの利用と貢献を容易にする.
結論:
- 一貫したデータ表現と共有のインフラストラクチャは,予測化学の進歩に不可欠です.
- ORDは,コンピュータによる合成計画と反応予測を大幅に改善すると予想されています.
- このイニシアチブは,オープンなデータアクセスを通じて,計算化学のタスクの最先端を向上させることを目的としています.
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