厚い組織のためのEASI-FISHは,横の視床の空間分子組織を定義する
Yuhan Wang1, Mark Eddison1, Greg Fleishman1
1Janelia Research Campus, Howard Hughes Medical Institute, Ashburn, VA 20147, USA.
Cell
|December 7, 2021
まとめ
EASI-FISHは,脳の厚い部分の細胞タイプをマッピングします. この方法により 側頭下部の9つのサブ領域が明らかになり 脳組織の研究が進んでいます
科学分野:
- 神経科学
- 分子生物学
- コンピュータ生物学
背景:
- 脳の構造を特徴づけるには,分子的に定義された細胞の空間的組織と形態を理解する必要があります.
- 現在の方法は,大量の組織で遺伝子発現を調査する際にボトルネックに直面しています.
- 横部下垂体領域 (LHA) は,解剖学的組織がよく定義されていない.
研究 の 目的:
- 濃厚な脳領域の遺伝子発現を調査する 新しい方法を開発する
- 新しい方法によって生成された大きな画像データセットを処理するための計算パイプラインを作成します.
- LHA内の細胞型の空間的分布を調査し,その亜領域を特定する.
主な方法:
- 300μmの脳部位における遺伝子発現分析のために,拡張補助型イテラティブ光インシチュー混合 (EASI-FISH) を開発した.
- EASI-FISH画像データの迅速な処理のための計算パイプラインを作成しました.
- EASI-FISHを用いて 側頭下部の細胞タイプを マッピングしました
主要な成果:
- EASI-FISHは 脳全体に広がる 空間分子領域の再構築を可能にしました
- LHAの細胞タイプをマッピングすると,空間的にも分子的にも定義された9つの亜領域が明らかになった.
- scRNA-seqデータセットの繰り返し再分析により,空間的および形態的異質性を解決したマーカー遺伝子が特定されました.
結論:
- EASI-FISHは,脳組織における分子的に定義された細胞タイプをマッピングするためのスケーラブルなアプローチを提供します.
- 開発された計算パイプラインは 細胞タイプマッピングを民主化し 脳組織における発見を容易にする.
- この技術はLHAのような 複雑な脳の領域の理解を 強化します
