ペタベーススケールの配列調整はウイルスの発見を触発する
Robert C Edgar1, Brie Taylor2, Victor Lin3
1Independent researcher, Corte Madera, CA, USA.
Nature
|January 27, 2022
まとめ
超高通量シーケンスアライナメントのためのクラウドインフラストラクチャであるSerratusを開発しました このツールは10万以上の新しいRNAウイルスを特定し,既知のウイルスの多様性を大幅に拡大し,将来のパンデミックへの備えを支援しています.
科学分野:
- バイオ情報学
- ウイルス学
- コンピュータ生物学
背景:
- 公共の核酸配列データベースは広大 (20以上のペタデータベース) であるが,検索方法が非効率であるため,探索が困難である.
- 配列データの指数関数的な成長は,体系的な分析のための高度な計算ツールを必要とします.
研究 の 目的:
- 超高通量シーケンスアライナメントのためのクラウドコンピューティングインフラをペタベーススケールで開発する.
- 大規模で多様なデータセットの中で新しいRNAウイルスを識別する.
- ウイルス発見データとツールの包括的なデータベースを確立する.
主な方法:
- ペタベーススケールのシーケンスアライナメントのためのクラウドコンピューティングインフラであるSerratusの開発.
- 570万個のサンプルから 10.2のペタデータベースを検索する
- RNAウイルスを識別するためのRNA依存型RNAポリメラーゼ遺伝子のターゲット検索.
主要な成果:
- 10^5以上の新しいRNAウイルスを特定し,既知の種を数値的に増加させました.
- コロナウイルス,デルタ型肝炎ウイルス,大型ファグに関連する新型ウイルスの特徴.
- 新たに発見されたウイルスの環境貯蔵庫の分析
結論:
- セルラタスは効率的で大規模な ウイルスの発見を可能にします
- 拡大したウイルス配列の多様性は,病原体の進化の洞察を提供します.
- 開発されたデータベースとツールは,進行中のウイルス発見を容易にし,パンデミック監視を強化します.
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