DNAナノボールのパターンの配列を用いたマウスの器官生成の空間時間転写アトラス
Ao Chen1, Sha Liao2, Mengnan Cheng3
1BGI-Shenzhen, Shenzhen 518103, China; Department of Biology, University of Copenhagen, Copenhagen 2200, Denmark.
Cell
|May 5, 2022
まとめ
研究者は,マウスの胚の発達における遺伝子発現をマッピングするために,新しい空間的トランスクリプトミクスの方法であるStereo-seqを開発しました. 哺乳類の発達生物学の研究を進めるため 臓器形成と細胞の発達に関する高解像度の洞察を提供します
科学分野:
- 発達生物学
- ゲノミクス
- バイオ情報学
背景:
- 空間的に解明されたトランスクリプトミックは哺乳類の胚形成のような複雑な生物学的プロセスを理解するために不可欠です.
- 現在の技術では 解像度,遺伝子捕捉,大きな3D胚の視野に 限界があります
- 妊娠中期と後半の胚を分析するには,高度な空間トランスクリプトミックのアプローチが必要です.
研究 の 目的:
- 哺乳類の胚の高解像度分析を可能にする新しい空間転写技術を開発する.
- マウス・オルガノゲネシスの包括的な空間時間的なトランスクリプトミカル・アトラスを作成する.
- 発達中の空間的な細胞異質性と細胞運命を特定する分子メカニズムを調査する.
主な方法:
- 結合DNAナノボール (DNB) パターン配列とインシットRNAキャプチャでステレオシークを作成する.
- マウス・オルガノゲネシス・スペース・テンポラル・トランスクリプトミック・アトラス (MOSTA) を生成するためにステレオシークを適用した.
- 単細胞解像度と高感度による転写変異マッピングを使用した.
主要な成果:
- マウスの器官生成の高解像度空間時間学的トランスクリプトミックマップ (MOSTA) を生成した.
- 胚の発達中の転写変異の運動学と方向性を捉えた.
- 背中脳発達の例として,空間的な細胞異質性と細胞運命を特定する分子基礎についての洞察を提供した.
結論:
- Stereo-seqは,大きな3D胚のサンプルを分析するための既存の方法の限界を克服します.
- MOSTAは哺乳類の正常な発達と異常な発達を研究するための強力なリソースです.
- 開発されたアトラスは,発達生物学における根本的な質問の詳細な調査を容易にする.
