排水のシーケンス解析により,SARS-CoV-2の早期の謎めいた変異の伝播が明らかになった

科学分野:

• 環境微生物学
• ウイルス学
• 公衆衛生の監視

背景:

• SARS-CoV-2の変種を早期に検出することは,効果的な公衆衛生介入に不可欠です.
• 血統的流行の臨床検査は,スケールではしばしば実現不可能であり,偏りがある可能性があります.
• 地域の感染動態を追跡するための 排水監視は 偏った方法ではありません

研究 の 目的:

• SARS-CoV-2 変種を早期発見するための改善された排水ゲノム監視方法を開発・展開する.
• 低品質のシーケンスデータと排水中の相対的な系統量推定の限界を克服する.
• 排水ベースのゲノム監視と295日間の臨床シーケンシングを比較する.

主な方法:

• 廃水サンプルに対する 強化されたウイルス濃度プロトコルを開発した.
• 混合された排水サンプルから複数のウイルス株を 分解する解凍ソフトウェアを導入した.
• 大学キャンパスと周辺の郡で 295日間の同時排水と臨床シーケンシングの取り組みを実施しました.

主要な成果:

• 懸念される新興SARS-CoV-2変種は,最大14日前に廃水で検出されました.
• 臨床ゲノム調査で検出されていないウイルスの感染例
• 流水から複数のウイルス株を 精度が向上した状態で分解する能力を示した.

結論:

• 排水ゲノム監視は,SARS-CoV-2変種を早期発見するためのスケーラブルなソリューションを提供します.
• このアプローチはコミュニティの流行率の推定を高め,暗号的な伝播を特定します.
• 改善された排水監視は ウイルスの脅威に対する公衆衛生の対応に 大きく役立つでしょう