マウスとヒトの組織におけるクロマチンのアクセシビリティの空間的プロファイリング
Yanxiang Deng1,2, Marek Bartosovic3, Sai Ma4
1Department of Biomedical Engineering, Yale University, New Haven, CT, USA.
Nature
|August 17, 2022
まとめ
Spatial-ATAC-seqは組織内のクロマチンのアクセシビリティをマッピングし,細胞の発達と疾患を理解するために重要な表遺伝的景観を明らかにします. この新しい方法は 組織組織と細胞状態に関する ゲノムスケールの洞察を提供します
科学分野:
- エピジェネティクス
- 空間生物学
- ゲノミクス
背景:
- 細胞の機能は局所的な組織環境に依存し,高度な空間マッピング技術が必要です.
- 空間トランスクリプトミクスは遺伝子発現をマッピングしますが,細胞およびゲノムスケールでの空間表遺伝子プロファイリングは欠けています.
研究 の 目的:
- 組織断面の空間的に解明されたクロマチンのアクセシビリティプロファイルの新しい方法を導入する.
- 組織内のゲノムスケールの表遺伝子マッピングを可能にします.
主な方法:
- 局所Tn5トランスポーゼーション化学とマイクロ流体決定的バーコードの組み合わせによる空間-ATAC-seqの開発.
- 組織をプロファイリングする次世代配列の適用
主要な成果:
- ネズミの胚における組織領域特有の表遺伝子図の描写,中枢神経系の発達における遺伝子調節物質の識別.
- マウスとヒトの脳でアクセス可能なゲノムをマッピングし,複雑な領域化を示しています.
- トンジルの組織における空間的に異なる免疫細胞の解像度.
結論:
- Spatial-ATAC-seqは,空間的に解明されたクロマチンのアクセシビリティプロファイルを提供することで,空間生物学を進歩させます.
- この技術は 細胞のアイデンティティ,状態,そして 発達と病気における表遺伝的基礎と関連した運命の決定の理解を高めます
