ネイティブ・トップ・ダウン・マススペクトロメトリーは,機能的なネオミシンセンサーリボスイッチアプタマーの2つの異なる結合モチーフを発見した

科学分野:

• 生物化学
• 分子生物学
• 構造生物学

背景:

• リボ核酸 (RNA) に結合するリガンドは,生物学的プロセスと薬物開発に不可欠です.
• ネオミシンBは,RNAとの相互作用が知られているアミノグリコシド抗生物質です.

研究 の 目的:

• ネオミシンBのネオミシン感受リボスイッチアプタマー構造体への結合を調査する.
• ネオミシンBの結合部位と相互作用を,質量スペクトロメトリを用いて決定する.

主な方法:

• 電気スプレーイオン化 (ESI) と衝突活性化解離 (CAD) を用いたネイティブ上下質量スペクトロメトリ (MS).
• 27ntと40ntのアプタマー構造の分析
• 構造分析と核磁気共鳴 (NMR) データとの比較

主要な成果:

• NMR構造と一致する結合部位と相互作用を27ntのMSデータで確認した.
• 40ntのコンストラクションでは,同等に満たされた2つのネオミシンB結合モチーフが特定されました:膨らみ回路と小さな溝の相互作用です.
• 下の幹のRNA塩基対の改変はネオミシンBの結合親和性とモチーフ間の分布を著しく変化させた.

結論:

• マススペクトロメトリーは,アミノグリコシドとRNAの相互作用に関するサイト特有のステキオメトリー解析情報を提供します.
• 非正規の塩基対はネオミシンBのようなアミノグリコシドによるRNA認識に重要な役割を果たします.
• これらの相互作用を理解することは,RNAベースの薬の開発の鍵です.