緑内障と結腸直腸がんの遺伝的リスクロシウムの根底にあるのは,繰り返し多形性である
Ronen E Mukamel1, Robert E Handsaker2, Maxwell A Sherman3
1Division of Genetics, Department of Medicine, Brigham and Women's Hospital and Harvard Medical School, Boston, MA, USA; Center for Data Sciences, Brigham and Women's Hospital, Boston, MA, USA; Program in Medical and Population Genetics, Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, MA, USA.
変数タンデムリピート (VNTR) はヒトの健康と遺伝子調節に大きな影響を与える. この研究では,複雑な特徴と疾患リスクに影響を与える多数のVNTRが特定され,以前は過小評価されていた役割が強調されました.
科学分野:
- ゲノミクス
- 人間 の 遺伝子
- 分子生物学
背景:
- 人間のゲノムには,個体間の長さの違いにつながる,変数のタンデムリピート (VNTR) の領域が含まれています.
- これらのゲノム変異の現象的結果,特にVNTRは,ゲノム全体でほとんど特徴づけられていない.
研究 の 目的:
- VNTRsの全ゲノムフェノタイプの影響を調査する.
- 複雑な特徴と遺伝子調節に関連する特定のVNTRを特定する.
主な方法:
- 大規模なコホート (英国バイオバンクとGTEx) での9,561の自体VNTRの長さを推定するために,統計的帰算が使用されました.
- 複合的な特徴と遺伝子発現/スプライシングに影響を与えるVNTRを特定するために,関連分析と統計的精細マッピングが行われました.
主要な成果:
- 58のVNTRは,英国バイオバンクコホートにおける複雑な特徴に影響を及ぼすと特定された.
- これらのVNTRのうち18は,近くの遺伝子の発現またはスプライシングを調節することが判明しました.
- TMCO1とEIF3Hの非コーディングVNTRは,それぞれグラウコマと結腸直腸がんのリスクに大きく寄与し,リスクの変動が2倍以上であった.
結論:
- VNTRは以前は認識されていませんでしたが 人間の健康に重要な役割を果たしています
- 非コーディングVNTRは,複雑な特徴と遺伝子調節に影響を与える遺伝的変異に大きく寄与する.
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