マウスの脳全体の細胞タイプの高解像度トランスクリプトミクスと空間アトラス
Zizhen Yao1, Cindy T J van Velthoven2, Michael Kunst2
1Allen Institute for Brain Science, Seattle, WA, USA. zizheny@alleninstitute.org.
Nature
|December 13, 2023
まとめ
この研究は,単細胞RNA配列と空間的トランスクリプトミクスを統合した成人のマウス脳の詳細な細胞型アトラスを提示します. 独特の空間的組織と 複写因子コードを明らかにし 脳の細胞の種類を定義します
科学分野:
- 神経科学
- ゲノミクス
- コンピュータ生物学
背景:
- 哺乳類の脳には 何十億もの細胞があり 特定の空間的,機能的な性質を持つ 様々なタイプに分かれています
- この細胞組織を理解することは 脳の機能,発達,進化の解読に不可欠です
研究 の 目的:
- 成人マウスの脳全体に 広範囲にわたる高解像度トランスクリプトミアと空間的な細胞型アトラスを作成する.
- 脳の細胞と回路の機能の統合的な研究のための基礎的リソースを提供する.
主な方法:
- 大きな単細胞RNA配列 (scRNA-seq) データセットの統合 (約. 400万個の細胞がある).
- マルチプレックス・エラー・ロバスト・フローレスンス・イン・シットー・ハイブリダイゼーション (MERFISH) を空間トランスクリプトミクスの適用 (約. 細胞は430万個)
- 細胞の種類を4つの内蔵レベルに分類し,その結果,5322の異なるクラスターが生成される.
主要な成果:
- すべての細胞タイプに対するトランスクリプトミックの同一性と空間的特異性の高い対応の識別.
- 細胞型組織における地域的差異の発見,特に神経多様性における背中中二分法.
- 神経伝達物質/神経ペプチド発現の広範な多様性と,細胞タイプを定義する転写因子コードを特定した.
結論:
- 開発されたアトラスは哺乳類の脳の研究の基準となる.
- この発見は脳内の細胞型組織と 分子調節の原理について 重要な洞察を与えてくれます
- このリソースは脳機能,発達,進化に関する将来の調査を容易にする.
