338,963人の全ゲノムにわたるタンデム・リピート・エクスパンション
Ya Cui1, Wenbin Ye1, Jason Sheng Li1
1Division of Computational Biomedicine, Department of Biological Chemistry, School of Medicine, University of California, Irvine, Irvine, CA 92697, USA.
TR-gnomADは,病気に関連するタンデムリピート (TR) に焦点を当てた,ヒトの遺伝子変異のための新しいリソースです. これは,多種多様な祖先における良性型と病原性型の TR 拡大を区別するのに役立ちます.
科学分野:
- ゲノミクス
- 人間 の 遺伝子 の 変化
- バイオ情報学
背景:
- タンデムリピート (TRs) はヒトゲノムの約6%を占める.
- TRの拡大は50以上のヒト疾患と関連しています
- gnomADのような既存の遺伝的変異データベースでは TRsはほとんど見過ごされています
研究 の 目的:
- トランデム・リピート・バリエーションのための包括的な参照データベースであるTR-gnomADを導入する.
- 祖先特有のTR拡大の流行と疾患関連性についての洞察を提供するためです.
- 良性型と病原性型の TR 拡大を区別するのに役立つ.
主な方法:
- 338,963人の多様な個体からの全ゲノムシーケンシング (WGS) データを用いてTR-gnomADの開発.
- TR-gnomADデータセット内の086万のタンデムリピート分析
- 異なる祖先と疾患のコホートにおけるTR単位数の頻度の比較
主要な成果:
- TR-gnomADには,多様な集団からのタンデムリピートの大規模なコレクションが含まれています.
- このデータベースは,TRユニット番号の頻度において,祖先の間で大きな差異を明らかにしている.
- TR- gnomADは,一般的な,おそらく良性的なTR拡大を,疾患群で見つかった潜在的に病原性のものと効果的に区別します.
結論:
- TR-gnomADは,タンデム・リピート・バリエーションを理解するための貴重なリソースです.
- 遺伝疾患の文脈でのTR拡張の解釈を容易にする.
- このデータベースはTRsに関連した祖先特有の疾患の流行に関する研究を支援しています.
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