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がん免疫療法の結果に関連する腸内微生物群の生態学的トポロジーに基づくカスタムスコアリング

Lisa Derosa ¹, Valerio Iebba ², Carolina Alves Costa Silva ³

¹Gustave Roussy Cancer Campus, ClinicObiome, Villejuif, France; Université Paris-Saclay, Ile-de-France, France; Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) U1015, Equipe Labellisée-Ligue Nationale contre le Cancer, Villejuif, France; Department of Medical Oncology, Gustave Roussy, Villejuif, France.
²Gustave Roussy Cancer Campus, ClinicObiome, Villejuif, France; Department of Medical, Surgical and Health Sciences, University of Trieste, Trieste, Italy.
³Gustave Roussy Cancer Campus, ClinicObiome, Villejuif, France; Université Paris-Saclay, Ile-de-France, France; Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) U1015, Equipe Labellisée-Ligue Nationale contre le Cancer, Villejuif, France.
⁴Department CIBIO, University of Trento, Trento, Italy.
⁵Center for Nutrition, Microbiome and Health, New Jersey Institute for Food, Nutrition and Health, Rutgers University, New Brunswick, NJ, USA; Department of Biochemistry and Microbiology, Rutgers University, New Brunswick, NJ, USA; Rutgers-Jiaotong Joint Laboratory for Microbiome and Human Health, New Brunswick, NJ, USA.
⁶Gustave Roussy Cancer Campus, ClinicObiome, Villejuif, France; Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) U1015, Equipe Labellisée-Ligue Nationale contre le Cancer, Villejuif, France.
⁷Centre Hospitalier de l'Université de Montréal (CHUM), Hematology-Oncology Division, Department of Medicine, Montréal, QC, Canada; Centre de Recherche du CHUM (CRCHUM), Montréal, QC, Canada.
⁸Department of Public Health and Community Medicine, School of Medicine, Tufts University, Boston, MA 02111, USA.
⁹Unit of Medical Oncology 2, University Hospital of Pisa, Pisa, Italy; Department of Translational Research and New Technologies in Medicine and Surgery, University of Pisa, Pisa, Italy.
¹⁰Centre de Recherche du CHUM (CRCHUM), Montréal, QC, Canada.
¹¹Université Paris Cité, Thoracic Oncology Department-CIC1425/CLIP2 Paris-Nord, Bichat-Claude Bernard Hospital, AP-HP, Paris, France.
¹²Pneumology Department, Foch Hospital, Suresnes, France.
¹³Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse, Toulouse, France.
¹⁴Pneumology Department, Centre Hospitalier Toulon Sainte-Musse, Toulon, France.
¹⁵Department of Thoracic Oncology, Centre Hospitalier Universitaire, Grenoble, France.
¹⁶INSERM U1016-CNRS UMR8104, Paris Cité University, Paris, France; Department of Medical Oncology, Cochin Hospital, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris, Paris, France; Immunomodulatory Therapies Multidisciplinary Study Group (CERTIM), Paris, France.
¹⁷Department of Pulmonary and Thoracic Oncology, University of Lille, University Hospital (CHU), Lille, France.
¹⁸Pulmonary Department, European Hospital, Marseille, France.
¹⁹Cancer Biology Transfer Platform, Centre Georges-François Leclerc, Dijon, France; Centre de Recherche INSERM LNC-UMR1231, Dijon, France; Department of Medical Oncology, Centre Georges-François Leclerc, Dijon, France.
²⁰Centre Hospitalier de Sherbrooke, Sherbrooke, QC, Canada.
²¹Gustave Roussy Cancer Campus, ClinicObiome, Villejuif, France; Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) U1015, Equipe Labellisée-Ligue Nationale contre le Cancer, Villejuif, France; Department of Medicine and Surgery, University of Parma, Parma, Italy.
²²Gustave Roussy Cancer Campus, ClinicObiome, Villejuif, France; Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) U1015, Equipe Labellisée-Ligue Nationale contre le Cancer, Villejuif, France; Section of Oncology, Department of Medicine, University of Verona School of Medicine and Verona University Hospital Trust, Verona, Italy.
²³EverImmune, Gustave Roussy Cancer Campus, Villejuif, France.
²⁴Gustave Roussy Cancer Campus, ClinicObiome, Villejuif, France; Université Paris-Saclay, Ile-de-France, France; Department of Radiation Oncology, Gustave Roussy, Villejuif, France; INSERM U1030, Radiothérapie Moléculaire et Innovation Thérapeutique, Villejuif, France.
²⁵Department of Twin Research and Genetic Epidemiology, King's College London, London, UK.
²⁶Department of Gastroenterology and Hepatology, University of Groningen and University Medical Center Groningen, Groningen, the Netherlands.
²⁷Gustave Roussy Cancer Campus, ClinicObiome, Villejuif, France; Université Paris-Saclay, Ile-de-France, France; Department of Medical Oncology, Gustave Roussy, Villejuif, France.
²⁸Bio-Me AS, Oslo Science Park, Gaustadalléen 21, Oslo, Norway.
²⁹Gustave Roussy Cancer Campus, ClinicObiome, Villejuif, France; Department of Medical Oncology, Gustave Roussy, Villejuif, France.
³⁰Service des Maladies Respiratoires, Centre Hospitalier d'Aix-en-Provence, Aix-en-Provence, France.
³¹Center for Nutrition, Microbiome and Health, New Jersey Institute for Food, Nutrition and Health, Rutgers University, New Brunswick, NJ, USA; Department of Biochemistry and Microbiology, Rutgers University, New Brunswick, NJ, USA; Rutgers-Jiaotong Joint Laboratory for Microbiome and Human Health, New Brunswick, NJ, USA; State Key Laboratory of Microbial Metabolism, Ministry of Education Laboratory of Systems Biomedicine, Shanghai Jiao Tong University, Shanghai, China.
³²Department CIBIO, University of Trento, Trento, Italy; IEO, European Institute of Oncology IRCCS, Milan, Italy.
³³Data2time Sàrl, Froideville, Switzerland.
³⁴Gustave Roussy Cancer Campus, ClinicObiome, Villejuif, France; Centre de Recherche des Cordeliers, Equipe labellisée-Ligue contre le cancer, Université de Paris Cité, Sorbonne Université, Institut Universitaire de France, Inserm U1138, Paris, France; Metabolomics and Cell Biology Platforms, Gustave Roussy, Villejuif, France; Institut du Cancer Paris CARPEM, Department of Biology, Hôpital Européen Georges Pompidou, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris, Paris, France.
³⁵Gustave Roussy Cancer Campus, ClinicObiome, Villejuif, France; Université Paris-Saclay, Ile-de-France, France; Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) U1015, Equipe Labellisée-Ligue Nationale contre le Cancer, Villejuif, France; Center of Clinical Investigations in Biotherapies of Cancer (BIOTHERIS) 1428, Villejuif, France.

⁰Gustave Roussy Cancer Campus, ClinicObiome, Villejuif, France; Université Paris-Saclay, Ile-de-France, France; Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) U1015, Equipe Labellisée-Ligue Nationale contre le Cancer, Villejuif, France; Department of Medical Oncology, Gustave Roussy, Villejuif, France.

Cell +

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2024年6月21日

PubMedで要約を見る

まとめ

研究者は,免疫チェックポイント阻害剤 (ICI) を投与しているがん患者の腸内不活性化を評価するための新しいスコアリングシステムを開発した. このツールは治療への反応を予測し,より良い結果を出すために個別化された微生物群の介入を導くのに役立ちます.

科学分野

腫瘍学
微生物群の研究
免疫療法

背景

腸内微生物群は,がん患者の免疫チェックポイント阻害剤 (ICI) に対する反応に大きく影響します.
有害な腸不活性症の標準化された定義は未だに難解である.
これらの微生物の影響を理解することは癌治療の最適化に不可欠です

研究の目的

癌患者のICI反応に関連した腸不活性症の定義と定量化.
腸内微生物の組成に基づいてICI治療の結果を予測するツールを開発する.
パーソナライズされた微生物群を中心とした治療戦略の基礎を確立する

主な方法

245人の非小細胞肺がん (NSCLC) 患者の糞便サンプルをメタゲノミクス (MG) シーケンシング.
種レベルでの共存ネットワークの構築と,種間相互作用グループ (SIG) にクラスタリング
複数のがんコホート (NSCLC,泌尿器系,大腸がん,メラノーマ) でテストされた,アクルマンシア種の定量化を含むトポロジカルスコア (TOPOSCORE) の開発と検証.

主要な成果

ICI耐性 (SIG1) と応答 (SIG2) と関連した37種と45種のメタゲノム (MGS) が特定されました.
微生物ネットワークのトポロジーとアクルマンシアの豊富さから派生したTOPOSCOREは,独立したNSCLCと泌尿器がんコホートにおける予測的価値を示した.
21の細菌探査を用いたqPCRベースのスコアリングシステムは,NSCLC,大腸直腸がん,メラノーマ患者で将来的に成功裏に検証されました.

結論

開発されたTOPOSCOREは,腸内不活性症の評価のためのダイナミックな診断ツールとして機能します.
このアプローチは,個別化された微生物群を中心とした介入を導き,ICIの有効性を改善する可能性があります.
この発見は,がんの免疫療法の反応における腸内微生物の重要な役割を強調しています.

キーワード:

アッカーマンシア・ムチニフィラ PD-(L) 1 についてトポスコアバイオマーカー癌について腸内微生物群免疫チェックポイントの封鎖免疫療法メタゲノミクス微生物群