単細胞でのアプタマーシーケンシング (Apt-seq) による分子高通量複合量化

科学分野:

• バイオテクノロジー
• 分子生物学
• ゲノミクス

背景:

• 高通量配列化は生命科学を変革しますが 抗体やグリカンなどの非直接的に配列可能な分子には 課題があります
• 抗体とグリカン配列の既存の方法は複雑で,ステリック障害を含み,労働集約的なラベリングを必要とします.
• アプタマーには特異性があり,標的が広く,サイズが小さいため,多式分子プロファイリングに適しています.

研究 の 目的:

• 単細胞解像度での多様式オミックスの定量化のためのapt-seqベースの高通量プラットフォームを開発する.
• 細胞表面タンパク質,グリカン,mRNAの並列プロファイリングのための統合戦略であるAptomicsを導入する.
• 複雑な生物サンプルを分析し,新しいバイオマーカーを特定するプラットフォームの能力を実証する.

主な方法:

• マルチモダル分子プロファイリングのためのアプタマーベースのシーケンシングプラットフォームApt-seqを開発しました.
• タンパク質,グリカン,mRNAの同時定量化のための統合アプタマー選択とシーケンシング.
• 細胞系と複合的な臨床サンプルを使用してプラットフォームを検証し,フローサイトメトリーで結果を比較した.

主要な成果:

• Apt- seqは,大量および単細胞分析におけるフローサイトメトリーと強い一致を示した.
• このプラットフォームは,臨床サンプルにおける腫瘍の異質性を正確にプロファイリングし,茎性に関連したPTK7発現サブ集団を特定しました.
• T細胞の分化過程におけるシアリレーションの動的変化が追跡され,機能性T細胞におけるシアル酸の増加が示された.

結論:

• Apt-seqで動いているAptomicsは,以前はタンパク質やグリカンなどの非直接的に配列可能な分子の配列化を可能にします.
• このプラットフォームは,複雑な生物学的システムにおける包括的な分子定量化のための汎用かつスケーラブルなソリューションを提供します.
• Apt-seqは,直接と間接的に配列可能な分子の同時分析を可能にすることで,定量科学を前進させます.