Jove
Visualize
お問い合わせ
JoVE
x logofacebook logolinkedin logoyoutube logo
JoVEについて
概要リーダーシップブログJoVEヘルプセンター
著者向け
出版プロセス編集委員会範囲と方針査読よくある質問投稿
図書館員向け
推薦の声購読アクセスリソース図書館諮問委員会よくある質問
研究
JoVE JournalMethods CollectionsJoVE Encyclopedia of Experimentsアーカイブ
教育
JoVE CoreJoVE BusinessJoVE Science EducationJoVE Lab Manual教員リソースセンター教員サイト
利用規約
プライバシーポリシー
ポリシー

関連する概念動画

Gene Families01:57

Gene Families

2.8K
2.8K
Genome Annotation and Assembly03:36

Genome Annotation and Assembly

19.3K
The genome refers to all of the genetic material in an organism. It can range from a few million base pairs in microbial cells to several billion base pairs in many eukaryotic organisms. Genome assembly refers to the process of taking the DNA sequencing data and putting it all back together in a correct order to create a close representation of the original genome. This is followed by the identification of functional elements on the newly assembled genome, a process called genome annotation.
19.3K
Gene Evolution - Fast or Slow?02:05

Gene Evolution - Fast or Slow?

7.4K
The genomes of eukaryotes are punctuated by long stretches of sequence which do not code for proteins or RNAs. Although some of these regions do contain crucial regulatory sequences, the vast majority of this DNA serves no known function. Typically, these regions of the genome are the ones in which the fastest change, in evolutionary terms, is observed, because there is typically little to no selection pressure acting on these regions to preserve their sequences.
In contrast, regions which code...
7.4K
Gene Therapy00:59

Gene Therapy

25.8K
Gene therapy is a technique where a gene is inserted into a person’s cells to prevent or treat a serious disease. The added gene may be a healthy version of the gene that is mutated in the patient, or it could be a different gene that inactivates or compensates for the patient’s disease-causing gene. For example, in patients with severe combined immunodeficiency (SCID) due to a mutation in the gene for the enzyme adenosine deaminase, a functioning version of the gene can be...
25.8K
Genome Size and the Evolution of New Genes03:21

Genome Size and the Evolution of New Genes

2.6K
2.6K
Improving Translational Accuracy02:07

Improving Translational Accuracy

11.8K
Base complementarity between the three base pairs of mRNA codon and the tRNA anticodon is not a failsafe mechanism. Inaccuracies can range from a single mismatch to no correct base pairing at all. The free energy difference between the correct and nearly correct base pairs can be as small as 3 kcal/ mol. With complementarity being the only proofreading step, the estimated error frequency would be one wrong amino acid in every 100 amino acids incorporated. However, error frequencies observed in...
11.8K

こちらも読む

関連記事

共著者、ジャーナル、引用グラフによってこの研究に関連する記事。

並び替え
Same author

Parallel Activation and Interference CRISPR (PAIR) with Sequencing Uncovers DNA Repair Networks Guiding Precision Cell Engineering.

bioRxiv : the preprint server for biology·2026
Same author

Genetic dissection of microglia cannibalism reveals an IL10 signaling axis controls microglia lifespan.

bioRxiv : the preprint server for biology·2025
Same author

An oncogenotype-immunophenotype paradigm governing the myeloid landscape in genetically engineered mouse models of prostate cancer.

bioRxiv : the preprint server for biology·2025
Same author

<i>sox17</i> mutagenesis reveals microglia can be impacted by genetic maternal effects.

bioRxiv : the preprint server for biology·2025
Same author

Small, Open-Source Text-Embedding Models as Substitutes to OpenAI Models for Gene Analysis.

bioRxiv : the preprint server for biology·2025
Same author

Molecular mechanisms of CAND2 in regulating SCF ubiquitin ligases.

Nature communications·2025

関連する実験動画

Updated: Sep 8, 2025

Augmenting Large Language Models via Vector Embeddings to Improve Domain-Specific Responsiveness
03:14

Augmenting Large Language Models via Vector Embeddings to Improve Domain-Specific Responsiveness

Published on: December 6, 2024

680

遺伝子解析のためのOpenAIモデルに代わる小さなオープンソースのテキスト埋め込みモデル

Dailin Gan1, Jun Li1

  • 1Department of Applied and Computational Mathematics and Statistics, University of Notre Dame, Notre Dame, IN, USA.

Computational and structural biotechnology journal
|August 20, 2025
PubMed
まとめ

オープンソースのテキスト埋め込みモデルは,遺伝子発現分析のためのOpenAIの費用対効果的でプライバシーを守る代替案を提供します. これらのモデルは,広範な微調整なしにGenePTの性能に匹敵し,またはそれを上回ります.

科学分野:

  • バイオ情報学
  • コンピュータ生物学
  • ゲノミクス

背景:

  • 遺伝子発現分析のための基礎トランスフォーマーモデルは計算的に高価です.
  • GenePTは OpenAI のテキスト埋め込み機能を遺伝子情報エンコーディングに使用しています.
  • OpenAIのサービスは,クローズドソースでオンライン化されているため,データプライバシーとアクセシビリティに関する懸念を提起しています.

研究 の 目的:

  • OpenAIのテキスト埋め込みモデルをオープンソースの代替案に置き換える可能性を調査する.
  • 遺伝子発現データ分析のための軽量でオープンソースのトランスフォーマーモデルの性能を評価する.
  • これらのオープンソースモデルの最適な性能のために微調整が必要かどうかを判断します.

主な方法:

  • Hugging Faceの10個の小さな 計算上軽いトランスフォーマーベースの テキスト埋め込みモデルを特定しました
  • 4つの異なる遺伝子分類タスクのモデルパフォーマンスを評価した.
  • OpenAIのテキスト埋め込み機能とオープンソースモデルのパフォーマンスを比較しました.

主要な成果:

  • いくつかの特定されたオープンソースモデルは,遺伝子分類のタスクでOpenAIのテキスト埋め込み機能に匹敵または優れている.

さらに関連する動画

A Protocol for Using Gene Set Enrichment Analysis to Identify the Appropriate Animal Model for Translational Research
09:35

A Protocol for Using Gene Set Enrichment Analysis to Identify the Appropriate Animal Model for Translational Research

Published on: August 16, 2017

17.9K
Evidence-based Knowledge Synthesis and Hypothesis Validation: Navigating Biomedical Knowledge Bases via Explainable AI and Agentic Systems
05:47

Evidence-based Knowledge Synthesis and Hypothesis Validation: Navigating Biomedical Knowledge Bases via Explainable AI and Agentic Systems

Published on: June 13, 2025

565

関連する実験動画

Last Updated: Sep 8, 2025

Augmenting Large Language Models via Vector Embeddings to Improve Domain-Specific Responsiveness
03:14

Augmenting Large Language Models via Vector Embeddings to Improve Domain-Specific Responsiveness

Published on: December 6, 2024

680
A Protocol for Using Gene Set Enrichment Analysis to Identify the Appropriate Animal Model for Translational Research
09:35

A Protocol for Using Gene Set Enrichment Analysis to Identify the Appropriate Animal Model for Translational Research

Published on: August 16, 2017

17.9K
Evidence-based Knowledge Synthesis and Hypothesis Validation: Navigating Biomedical Knowledge Bases via Explainable AI and Agentic Systems
05:47

Evidence-based Knowledge Synthesis and Hypothesis Validation: Navigating Biomedical Knowledge Bases via Explainable AI and Agentic Systems

Published on: June 13, 2025

565
  • 選択されたオープンソースモデルは小さく,インストールが簡単で,計算リソースも少ない.
  • オープンソースモデルの微調整は一貫して 性能の有意な改善をもたらしませんでした

    • 結論:

    • オープンソースのテキスト埋め込みモデルは,遺伝子発現分析のためのOpenAIのような独自のソリューションに対して,実行可能で潜在的に優れた代替案を提供します.
    • これらのモデルはデータのプライバシー,コスト効率,アクセシビリティを向上させます.
    • この研究は,遺伝子分類の作業に際して,事前に訓練されたオープンソースモデルを有効に利用できることを示唆しています.