化合物ライブラリと組合せ化学空間の多様性分析のためのバイオアクティブ分子ベンチマークセット

科学分野:

• 薬剤化学
• コンピュータ化学
• 化学情報学

背景:

• 商業的な複合体図書館は急速に拡大し 膨大な化学空間を作り出しています
• これらの化合物の収集の質と関連性を評価することは 薬物の発見にとって極めて重要です
• 化学多様性の能力の公正な比較のために標準化された基準が必要である.

研究 の 目的:

• 化学図書館の質を評価するためのベンチマークコンパウンドセットを作成する.
• 商用組合せ化学空間と数えられた図書館の化学的多様性を分析する.
• 複合図書分析のための異なる検索方法のパフォーマンスを比較する.

主な方法:

• 生物学的活性分子の データベースを掘り下げます
• 系統的なフィルタリングと処理により,異なるサイズの3つのベンチマークセット (セットL,M,S) が作成されます.
• 検索方法:FTrees (ファーマコフォア特性),SpaceLight (分子指紋),SpaceMACS (最大共通の基底構造) を使用する.

主要な成果:

• 広範な物理化学的およびトポロジカルなカバーに合わせたセットSが分析に使用された.
• 商用化学空間は,一般的に,数えられた図書館と比較して,より類似した化合物を提供しました.
• eXploreとREALの探査方法は,関連する分子を回収する上で優れたパフォーマンスを示しました.

結論:

• 商用化学空間では 薬のような分子が多様で 関連性のあるものを 特定できる可能性が高くなります
• 開発されたベンチマークセットは,化学図書館の質を評価するための堅固な枠組みを提供します.
• 探査方法の選択は,化学空間を効果的に探査し利用する能力に大きく影響を与えます.