トラメテス・サンギニアZHSJの全ゲノム配列と注釈
Rathna Silviya Lodi1,2, Xiuwen Jia1, Peng Yang3
1Key Laboratory of Agro-Products Processing Technology of Shandong Province, Key Laboratory of Novel Food Resources Processing Ministry of Agriculture, Institute of Food & Nutrition Science and Technology, Shandong Academy of Agricultural Sciences, Jinan, 250100, China.
Scientific data
|August 21, 2025
まとめ
この研究では,栗の木のキノコであるTrametes sanguinea ZHSJの全ゲノムとトランスクリプトーム配列が示されています. ゲノムデータは,その潜在的利益と機能を理解するための基盤を提供します.
科学分野:
- 菌類学
- ゲノミクス
- トランスクリプトミクス
背景:
- トラメテス・サンギニア (Trametes sanguinea) は,ポリポラセア科に属する菌類である.
- その果実体は様々な有益な特性で知られている.
研究 の 目的:
- トラメテス・サンギニア (ZHSJ) の全ゲノムとトランスクリプトームの配列を解析する
- 機能的な洞察を得るために ゲノムとトランスクリプトームを注釈します
主な方法:
- 全ゲノム配列解析と組み立て
- RNAシーケンシングとトランスクリプトームアセンブリ
- 複数のデータベースとFunannotateを使用して遺伝子アノテーション.
- シンプル・シーケンス・リピート (SSR) 分析
主要な成果:
- T. sanguinea ZHSJのゲノムサイズは41.32Mbで135個のコンティグがあります.
- ゲノム配列から10,886の遺伝子が注釈された.
- トランスクリプトーム解析により,1万1861の遺伝子が特定され,10507の遺伝子に注釈が付けられました.
- デノボの予測では 12268のコード遺伝子を特定しました
- 707のトリヌクレオチドの繰り返しモチーフを含む合計1,242のSSRが見つかりました.
結論:
- ゲノムとトランスクリプトームのデータは,Trametes sanguineaを研究するための貴重なリソースを提供します.
- この基本的なデータは,このキノコの生物学的機能と潜在的な応用を理解するのに役立ちます.
