高通量PacBioライブラリ作成とゲノムDNAとTNAのシーケンシング技術

科学分野:

• ゲノミクスとバイオインフォマティクス
• 分子生物学 と 遺伝学

背景:

• PacBio Sequencing技術は,全ゲノムアセンブリのギャップを埋めるために重要な長い読み取り長さを提供します.
• パックバイオシーケンシングの効率を高めるために,自動化された,高通量ライブラリ準備のワークフローが必要である.

研究 の 目的:

• PacBioシーケンシングのための自動ライブラリ準備のための2つの高通量メソッドを記述します.
• Sequel II 装置のバーコード化されたゲノムDNAとcDNA ライブラリ準備,プーリング,シーケンシングのワークフローを詳細に説明する.

主な方法:

• 2つの異なる高通量ライブラリ準備方法の開発と実装
• マルチプレックスシーケンシングのためのゲノムDNAとcDNAサンプルのバーコーディング.
• PacBio Sequel II 装置を使用して準備されたライブラリのシーケンシング.

主要な成果:

• ゲノムDNAサンプル380件を検査したところ,7.4%の失敗率で,再配列が求められました.
• 384個のThreose核酸サンプルを試験した結果,失敗は0件で,12.8%が<90%のゲノムカバーを達成した.
• これらの方法は,2023年に臨床サンプルから約2,000個のゲノムDNAと30,000個のcDNAゲノム配列を生成するために成功しました.

結論:

• 記述された高通量メソッドは,PacBioのシーケンシングライブラリ作成に有効です.
• これらのワークフローは,臨床サンプルからの大規模なゲノムとトランスクリプトミックのシーケンスを容易にします.
• これらの方法は,大規模なゲノムデータを生成するためのスケーラビリティと有用性を示しています.