専門知識から検証リソースへ:一般的な生殖系統遺伝子検査のための利用可能な参照材料のギャップを埋めるためのシリコアプローチの使用事例

科学分野:

• ゲノミクス
• 分子生物学
• バイオ情報学

背景:

• 全ゲノムおよび全エクソムのシーケンシングの臨床実施は,強力な品質管理を必要とします.
• 臨床的に重要な遺伝子や変異の数は増えており,次世代配列解析 (NGS) 試験の検証のために包括的な参考資料が必要となっている.
• 既存の物理的参照材料は,広くテストされた多くの遺伝子には不十分です.

研究 の 目的:

• 臨床的に重要な変種のための物理的な基準材料の可用性を評価する.
• NGS試験の開発と検証における in silico 変異性基準材料の有用性を実証する.
• インシリコ基準材料の生成のためのガイドラインを提供すること.

主な方法:

• 臨床的に重要な遺伝子変異の専門家によるリストを調査した.
• 公開可能な物理的参考資料の可用性を評価した.
• 精製された49のバリエーションを使用して,シリコ基準材料で生成されました.
• 3つの経験豊富なNGS研究所で ブラインド・プローブ・オブ・コンセプトの研究を行った.

主要な成果:

• 公に公開された参考資料は,調査された変種の29.4%のみで特定されました.
• In silicoの基準材料は盲検試験で成功し,実験室ではほぼすべての追加された変種が検出されました.
• 共通の病原性変異の検査ができないため,偽陰性結果につながる一般的なシナリオを特定した.

結論:

• NGSテストの検証のための物理的基準材料はかなり不足しています.
• 物理的なサンプルを補完するために,特に物理的な材料が不足しているときに,リファレンス材料は貴重なツールです.
• NGS試験の品質管理を改善するために,集中的な知識基盤を確立し,標準化されたインシリコ資源生成プロセスを開発することが不可欠です.