最適化されたCUT&Tagは,Schizosaccharomyces pombeにおける堅固な表遺伝子プロファイリングを可能にします

科学分野:

• エピジェネティクス
• 分子生物学
• 微生物学

背景:

• 染色体免疫降水配列 (ChIP-seq) は,クロスリンクアーティファクトと高い細胞入力要件によって制限されています.
• Schizosaccharomyces pombe (S. pombe) のエピゲノムプロファイリングは,高解像度分析のための最適化された方法論を必要とします.

研究 の 目的:

• 堅固なH3K9me3プロファイリングのためにS. pombeのCUT&Tagの浸透性を最適化します.
• 細胞の投入を減らした高解像度エピゲノムプロファイリングプロトコルを作成します.

主な方法:

• S. pombeの球体形成のためにLywallzymeを使用した最適化 (>95%の効率).
• 酵素濃度と細胞負荷を含むCUT&Tagの体系的なパラメータ最適化
• 最適化されたプロトコルを使用して,野生型とclr4Δ株のH3K9me3マッピング.

主要な成果:

• ライウォル酵素は他の酵素よりも球体形成に優れていた.
• 最適な消化運動と逆の細胞負荷効率の関係が特定されました.
• シグナルとノイズの比率が高いセントロメア/テロメアで捕捉された特定のヘテロクロマティックな濃度.

結論:

• 最適化されたCUT&Tagプロトコルは,最小限の細胞入力でS. pombeの堅固な表遺伝子解析を可能にします.
• この方法は,ChIP-seqの限界を克服し,表遺伝子学の研究の解像度を向上させます.