Jove
Visualize
お問い合わせ
JoVE
x logofacebook logolinkedin logoyoutube logo
JoVEについて
概要リーダーシップブログJoVEヘルプセンター
著者向け
出版プロセス編集委員会範囲と方針査読よくある質問投稿
図書館員向け
推薦の声購読アクセスリソース図書館諮問委員会よくある質問
研究
JoVE JournalMethods CollectionsJoVE Encyclopedia of Experimentsアーカイブ
教育
JoVE CoreJoVE BusinessJoVE Science EducationJoVE Lab Manual教員リソースセンター教員サイト
利用規約
プライバシーポリシー
ポリシー

関連する概念動画

Mechanistic Models: Compartment Models in Algorithms for Numerical Problem Solving01:29

Mechanistic Models: Compartment Models in Algorithms for Numerical Problem Solving

100
Mechanistic models play a crucial role in algorithms for numerical problem-solving, particularly in nonlinear mixed effects modeling (NMEM). These models aim to minimize specific objective functions by evaluating various parameter estimates, leading to the development of systematic algorithms. In some cases, linearization techniques approximate the model using linear equations.
In individual population analyses, different algorithms are employed, such as Cauchy's method, which uses a...
100
Double Resonance Techniques: Overview01:12

Double Resonance Techniques: Overview

291
Double resonance techniques in Nuclear Magnetic Resonance (NMR) spectroscopy involve the simultaneous application of two different frequencies or radiofrequency pulses to manipulate and observe two distinct nuclear spins. One important application of double resonance is spin decoupling, which selectively suppresses coupling with one type of nucleus while observing the NMR signal from another nucleus, simplifying the spectrum and enhancing resolution.
Spin decoupling is usually achieved by...
291
このページは機械翻訳されています。他のページは英語で表示される場合があります。View in English
  1. ホーム
  3. 研究分野
  5. エンジニアリング
  7. 流体力学と熱工学
  9. 流体構造相互作用とエアロアコースティック
  11. アラニンの適応力マッチングポテンシャルが,モラー・プレセット乱理論とスムーズ・フーリエ変換補正マップで開発された.

アラニンの適応力マッチングポテンシャルが,モラー・プレセット乱理論とスムーズ・フーリエ変換補正マップで開発された.

Ying Yuan1, Feng Wang1

  • 1Department of Chemistry and Biochemistry, University of Arkansas, Fayetteville, Arkansas 72701, United States.

The journal of physical chemistry. B
|August 26, 2025

関連する実験動画

Author Spotlight: In Silico Creation and Impact of Carbonylated Amino Acids on Protein Structure and Function
05:57

Author Spotlight: In Silico Creation and Impact of Carbonylated Amino Acids on Protein Structure and Function

Published on: April 26, 2024

483
Deciphering the Structural Effects of Activating EGFR Somatic Mutations with Molecular Dynamics Simulation
15:05

Deciphering the Structural Effects of Activating EGFR Somatic Mutations with Molecular Dynamics Simulation

Published on: May 20, 2020

8.8K
Covalent Attachment of Single Molecules for AFM-based Force Spectroscopy
10:37

Covalent Attachment of Single Molecules for AFM-based Force Spectroscopy

Published on: March 16, 2020

9.8K

PubMed で要約を見る

まとめ
この要約は機械生成です。

適応力マッチングとMP2理論を用いた 新しいポリアラニン力場を 開発しました このモデルはタンパク質の折りたたみと薬剤設計の 生物分子のシミュレーションを改善します

科学分野:

  • コンピュータ化学
  • バイオ分子モデリング
  • フォースフィールド開発

背景:

  • 精密な力場は 生物分子のシミュレーションに不可欠です
  • 構成状態の間の微妙なエネルギー差異は,挑戦です.
  • 既存の方法は 精度や移転性に問題があります

研究 の 目的:

  • ポリアラーニンの新しい,正確で,移転可能な力場を開発する.
  • 伝統的な適応力マッチング (AFM) の限界を克服するために.
  • 複雑な生物学的システムのシミュレーションを可能にする.

主な方法:

  • 適応力マッチング (AFM) を使用してALAMP2_25の力場を開発しました.
  • Møller-Plesset perturbation 理論を基準として2番目の順位 (MP2) で使用した.
  • クープリングのためのスムート・フーリエ変換ベースの φ, ψ 修正マップ (SFT-CMAP) を導入した.

主要な成果:

  • ALAMP2_25は,水素化されたポリアラニンの実験的結合データと良好な一致を示している.
  • このモデルは,N-メチル化されたサイクルアラニンへの改善された移転性を示しています.
  • 以前に報告されたDFTベースのモデルを上回る.

関連する実験動画

Author Spotlight: In Silico Creation and Impact of Carbonylated Amino Acids on Protein Structure and Function
05:57

Author Spotlight: In Silico Creation and Impact of Carbonylated Amino Acids on Protein Structure and Function

Published on: April 26, 2024

483
Deciphering the Structural Effects of Activating EGFR Somatic Mutations with Molecular Dynamics Simulation
15:05

Deciphering the Structural Effects of Activating EGFR Somatic Mutations with Molecular Dynamics Simulation

Published on: May 20, 2020

8.8K
Covalent Attachment of Single Molecules for AFM-based Force Spectroscopy
10:37

Covalent Attachment of Single Molecules for AFM-based Force Spectroscopy

Published on: March 16, 2020

9.8K

結論:

  • ALAMP2_25の力場は,ポリアラニンの正確な表現を提供します.
  • 開発されたフレームワークは,多様なバイオ分子のための正確な力場の作成を容易にする.
  • タンパク質の折りたたみ,リガンド結合,薬剤設計の高度なシミュレーションを可能にします.