フラグメントベースの設計によるYTHDF2リガンドの発見

科学分野:

• 生物化学
• 分子生物学
• 薬物の発見

背景:

• N6-アデノシンメチル化 (m6A) は一般的なmRNA変異である.
• YTHドメインファミリータンパク質 (YTHDF1-3) は,m6Aの重要な細胞質読者である.
• M6A読者をターゲットにすることで 治療の可能性が生まれます

研究 の 目的:

• YTHDF2の小分子阻害剤を特定する
• 特定された化合物の結合親和性と選択性を特徴付ける.
• m6A結合リガンドの最適化に役立つ.

主な方法:

• 分子ドッキングを用いた断片ベースの薬剤発見アプローチ
• YTHDF2に対する大型断片ライブラリのインビトロスクリーニング.
• 構造による最適化と類似体の合成.
• 光極化 (FP) と均質時間解像度光 (HTRF) を含む生体分析.
• YTHDF2-リガンド複合体のX線結晶学

主要な成果:

• スクリーニングにより,50万個の分子から 6つの初期活性断片が特定されました.
• 最適化により,YTHDF2に対するマイクロモラー afinityが低い化合物が得られました.
• 化合物23はYTHDF2に対する高い親和性 (Kd=1. 3μM) と選択性を示した.
• いくつかの化合物はYTHDF1-3に対する広範な親和性を示し,一部はYTHDC2に結合した.
• 6つの結晶構造が YTHDF2 断片複合体を明らかにした.

結論:

• YTHDF2を標的にする小分子の 特定と最適化に成功しました
• 利便なリガンド効率と低マイクロモラー親和性を有するリガンドが発達した.
• 他のYTH読者タンパク質に対する選択性プロファイルが示されています.
• YTHDF2-リガンドの相互作用に関する構造的な洞察を提供した.