膀がんにおけるリンパ節転移の遺伝子発現ベースの予測者の評価

科学分野:

• 腫瘍学
• ゲノミクス
• バイオマーカーの発見

背景:

• 筋肉侵襲性膀がん (MIBC) のリンパ節転移は,患者の予後に影響を及ぼします.
• 新補助化学療法とリンパ節解剖の範囲をガイドするために,リンパ節の状態の正確な術前予測が必要です.
• MIBCにおけるノード状態の既存のRNA発現ベースの予測者は,堅固な外部検証が欠けている.

研究 の 目的:

• MIBCにおけるリンパ節の状態を予測するために,以前に公表された全てのRNA発現シグネチャーを体系的に検証する.
• 遺伝子発現データを用いて,MIBCにおけるリンパ節の状態に関する新しい予測モデルを開発し,評価する.

主な方法:

• 2つの独立したMIBCコホートからの遺伝子発現データと臨床ノード状態を利用した.
• 検証データセットでのパフォーマンスのために12の公開されたノード予測遺伝子シグネチャーをテストしました.
• 独立したMIBCコホートでの性能を評価し,新しい予測モデルを開発し,クロス検証しました.

主要な成果:

• 出版されたノードステータス予測者は,独立した検証で確率レベルに近いパフォーマンスを示した (最大AUC0. 65).
• 一貫して差異的に発現する遺伝子のノードネガティブな症例におけるインターフェロン応答シグネチャーのアップレギュレーションを特定した.
• 1 つのデータセットで訓練されたトランスクリプトミックの予測者は,独立したMIBCコホート (AUC 0. 60- 0. 62) に悪質な一般化を示した.

結論:

• 以前発表された12のRNA発現シグネチャーは,MIBCにおける臨床ノード状態の予測には不十分である.
• 新しく開発された予測モデルも,独立したデータで十分な精度を達成できませんでした.
• 大量腫瘍RNA発現プロファイルは,MIBCにおけるリンパ節転移の生物学的要因を捉えるのに不十分である.