パキスタンで2024年に流通するデング熱ウイルスのゲノム特性と血清型分布

科学分野:

• ウイルス学
• ゲノミクス
• 公衆衛生

背景:

• デング熱ウイルス (DENV) は,繰り返し発生する流行によって特徴づけられるパキスタンにおける重大な公衆衛生上の脅威である.
• 継続的なゲノム監視は,これらのアウトブレイク中に循環する血清型とウイルスの多様性を理解するために不可欠です.

研究 の 目的:

• パキスタンでの2024年の流行中にDENVの血清型とゲノム多様性を調査する.
• 流通するDENV株の遺伝関係と進化史を分析する.
• 潜在的遺伝的適応と伝染のリンクを特定する.

主な方法:

• NS-1で確認された524のデング熱のサンプルを採取し,処理した.
• DENVの血清型を特定するためにリアルタイムPCRを用いた血清型決定
• DENVゲノムを得るためのメタゲノムシーケンシング (Illumina MiSeq)
• 進化の関係と起源を決定する 系統遺伝学と時間スケールの分析
• 遺伝子変異を特定するための変異分析

主要な成果:

• DENV- 2 (93%) とDENV- 1 (7%) が主要な血清型で,共感染は検出されなかった.
• 33のDENVゲノムが順番化され,その中にはChilasとKechからの最初のゲノムも含まれていた.
• 系統遺伝分析により,2024株と2022-2023年のパキスタンの株の間に高い同質性 (∼99%) が明らかになった.
• ほとんどのDENV-2株は2018年に共通の祖先を共有し,2005年に遡る1つの異なる株がありました.
• DENV-1の配列は2016年に共通の祖先との持続的な循環を示した.
• チラスのDENV-1に特定の変異 (NS4B:G240S) が確認され,局所的適応を示唆した.

結論:

• パキスタンの2024年のデング熱の発生は,主にDENV-2とDENV-1によって引き起こされ,以前の株と密接に関連しています.
• ゲノムデータは,DENV株の持続的な循環と潜在的な局所的適応を示しています.
• パキスタンにおけるデング熱の管理には 継続的なゲノム監視と 標的を絞った公衆衛生介入が不可欠です