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Hippophae salicifoliaの染色体レベルでのゲノムアセンブリ

Zhefei Zeng ^1,2, Chunmin Mao ³, Jiayin Zhang ⁴

¹Key Laboratory of Biodiversity and Environment on the Qinghai-Tibetan Plateau, Ministry of Education, School of Ecology and Environment, Xizang University, Lasa, China.
²Yani Observation and Research Station for Wetland Ecosystem of the Tibet (Xizang) Autonomous Region, Xizang University, Linzhi, China.
³Yunnan Key Laboratory for Integrative Conservation of Plant Species With Extremely Small Populations, Kunming Institute of Botany, Chinese Academy of Sciences, Kunming, China.
⁴Ministry of Education Key Laboratory of Biodiversity Sciences and Ecological Engineering and State Key Laboratory of Genetic Engineering, Institute of Biodiversity Sciences and Institute of Plant Biology, School of Life Sciences, Fudan University, Shanghai, China.
⁵Forestry Survey and Planning Research Institute of Tibet Autonomous Region, Lasa, China.
⁶Key Laboratory of Biodiversity and Environment on the Qinghai-Tibetan Plateau, Ministry of Education, School of Ecology and Environment, Xizang University, Lasa, China. jwyx12240315@126.com.
⁷Yani Observation and Research Station for Wetland Ecosystem of the Tibet (Xizang) Autonomous Region, Xizang University, Linzhi, China. jwyx12240315@126.com.
⁸Ministry of Education Key Laboratory of Biodiversity Sciences and Ecological Engineering and State Key Laboratory of Genetic Engineering, Institute of Biodiversity Sciences and Institute of Plant Biology, School of Life Sciences, Fudan University, Shanghai, China. wjzhang@fudan.edu.cn.
⁹Key Laboratory of Biodiversity and Environment on the Qinghai-Tibetan Plateau, Ministry of Education, School of Ecology and Environment, Xizang University, Lasa, China. lhagchong@163.com.
¹⁰Yani Observation and Research Station for Wetland Ecosystem of the Tibet (Xizang) Autonomous Region, Xizang University, Linzhi, China. lhagchong@163.com.

⁰Key Laboratory of Biodiversity and Environment on the Qinghai-Tibetan Plateau, Ministry of Education, School of Ecology and Environment, Xizang University, Lasa, China.

Scientific Data +

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2025年8月28日

PubMedで要約を見る

まとめ

ヒマラヤの木のヒポフェ・サリシフォリアの高品質のゲノムを作りましたこのゲノム資源は,その進化,多様性,保全を理解し,遺伝的改善の努力を支援します.

科学分野

ゲノミクス
植物学
保護生物学

背景

ヒッポフェ・サリシフォリアはヒマラヤに生息する植物で,生態学的および産業的な大きな可能性を秘めている.
その遺伝的構成を理解することは保存と利用に不可欠です

研究の目的

Hippophae salicifoliaの高品質の染色体レベルの参照ゲノムを構築する.
性別決定,進化,多様性に関する将来の研究のための基礎を築くために.

主な方法

パック・バイオ・ハイ・ファイ・ロング・リーズイルミナ・ショート・リーズとハイ・シー・テクノロジーを使った.
12個の擬似染色体で組み立てられた 1.11Gのゲノムです
タンパク質をコードする42547の遺伝子を 85%の機能性アノテーションで予測した.

主要な成果

95.29MbのエスカフォードN50を達成し, 99.94%のシーケンスアンカリングを達成しました.
繰り返し発生する元素が特定され,最も多く発生するレトロトランスポーザンはLTR (32. 54%) である.
BUSCOの分析は,ゲノムアセンブリとアノテーションの両方の高度な完全性を確認しました.

結論

生成された高品質のゲノムはHippophae salicifoliaにとって貴重な資源です.
性別決定,適応進化,ゲノム多様性に関する研究を容易にする.
遺伝子改良,保全,資源利用の取り組みを支援しています.

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Genome Annotation and Assembly

The genome refers to all of the genetic material in an organism. It can range from a few million base pairs in microbial cells to several billion base pairs in many eukaryotic organisms. Genome assembly refers to the process of taking the DNA sequencing data and putting it all back together in a correct order to create a close representation of the original genome. This is followed by the identification of functional elements on the newly assembled genome, a process called genome annotation.