ゲノムとトランスクリプトームの共同分析により,シベリアの (Acipenser baerii) のTRAF遺伝子ファミリーのメンバーと分子特性を特定

科学分野:

• 免疫学
• ゲノミクス
• 魚の生物学

背景:

• 腫瘍死滅因子受容体関連因子 (TRAF) は,免疫反応における重要な信号変換因子である.
• シベリアの魚 (Acipenser baerii) の免疫におけるTRAFファミリーの役割は,ほとんど特徴づけられていない.

研究 の 目的:

• シベリアンのTRAF家族を体系的に特定し,特徴づけること.
• シベリアののTRAFの表現パターンと免疫反応を調査する.

主な方法:

• TRAFの識別のための比較ゲノムとトランスクリプトーム分析.
• アブトラフ配列のクローンと生物情報分析
• RNA-seqとqRT-PCRで遺伝子発現を分析する.
• バクテリアとウイルスの模倣を用いた in vivoおよびin vitro刺激アッセイ.

主要な成果:

• 特定されたA. baeriiのTRAFファミリーメンバーは,テレオストの高いシーケンス類似性と保存を示しています.
• アブトラフ遺伝子は,幼虫前および免疫組織 (頭腎,,) で高度に発現しています.
• アブトラフの発現は細菌の病原体 (Streptococcus iniae, Aeromonas hydrophila) と免疫刺激剤 (LPS, PGN, poly ((I: C)) によって誘発された.
• Abtraf5は細菌成分に特異的な反応を示したが,Abtraf7はポリ (I: C) に反応した.

結論:

• この研究は,シベリアの魚におけるTRAF家族を初めて体系的に特定したものです.
• アブトラフは,A. baeriiの先天的な免疫系において重要な役割を果たし,異なる免疫刺激に対する明確な反応を示します.
• この発見は,テレオスト免疫におけるTRAFの機能に関するさらなる研究のための基盤を提供する.