双極性障害と統合失調症を持つアフリカ系アメリカ人の全ゲノム配列ベースの関連分析
Runjia Li1, Sarah A Gagliano Taliun2, Kevin Liao3
1Bioinformatics Interdepartmental Program, University of California, Los Angeles, Los Angeles, CA, USA; Department of Biological Chemistry, University of California, Los Angeles, Los Angeles, CA, USA.
アフリカ系アメリカ人における全ゲノム配列解析は,双極性障害 (BD) と統合失調症 (SZ) のリスクに関連する潜在的な遺伝変異を特定しました. これらの集団における非コーディングの変異を理解するためにさらなる研究が必要である.
科学分野:
- 遺伝学
- 精神疾患
- ゲノム医学
背景:
- 双極性障害 (BD) と統合失調症 (SZ) のリスク変種に関する以前の研究は主にヨーロッパの祖先に焦点を当てていました.
- 非ヨーロッパ人集団における遺伝的危険因子に関する知識は限られているが,特にコード化しない珍しい変種に関する知識は限られている.
研究 の 目的:
- アフリカ系アメリカ人の全ゲノム配列解析データを調査し,BDとSZリスクに関連する遺伝的変異を特定する.
- この集団におけるBDとSZの遺伝的構造における希少な非コーディング変異の役割を調査する.
主な方法:
- 全ゲノム配列解析はBD患者1,598人,SZ患者3,295人,対照患者2,651人に行われました (InPSYght研究).
- トランスオミクス・フォー・プレシジョン・メディシン (TOPMed) プログラムからの追加の対照群 (14,812) は,統計的力を高めるために含まれていた.
- 分析には,保存状態とクロマチンの状態を用いた単一変異のテスト,タンパク質断片化変異の遺伝子ベースのテスト,および希少/低頻度変異の注釈ベースのテストが含まれていました.
主要な成果:
- 染色体18の単一変異とBD関連性を示唆する証拠
- 既知のBD全ゲノム関連研究 (GWAS) の場所の近くに位置する,より低いBDリスクを持つ11染色体の希少/低頻度変異の関連性.
- 変数呼び出しの品質管理とコバリアート調整のためのクロマチンと保存状態試験の有用性が実証された.
結論:
- 発見は,BDとSZの遺伝的リスクを理解するために,多様な集団,特にアフリカ系アメリカ人の全ゲノム配列化の重要性を強調しています.
- 精神疾患におけるその役割を完全に解明するために,非コーディング変異の包括的な機能的な注釈の必要性を強調しています.
- 染色体11と18の潜在的遺伝位置を示唆し,アフリカ系アメリカ人の集団におけるさらなる調査を正当化しています.
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