円形RNAのオンラインデータベース

科学分野:

• ゲノミクス
• 分子生物学
• バイオ情報学

背景:

• 円形RNA (circRNAs) は,遺伝子調節における役割と疾患バイオマーカーとしての可能性で認識されているノンコーディングRNA (ncRNAs) である.
• ncRNAとタンパク質のスポンジとして作用する能力と体液の検出能力は,その臨床的重要性を強調しています.
• 専門のデータベースの開発により,circRNAの識別と研究が容易になりました.

研究 の 目的:

• 既存のcircRNAデータベースの包括的な概要を提供すること.
• 新しく利用可能な circRNA データベースを紹介し,その特徴について議論する.
• circRNAデータベースの命名とメンテナンスに伴う課題を解決する.

主な方法:

• 確立されたcircRNAデータベース (例えば,Circ2Traits,circBase) のレビューと要約
• データベース・コモンズから新たにカタログ化された circRNA データベースの導入.
• アノテーション,相互作用データ,疾患関連,発現プロファイルを含むデータベースの内容の議論

主要な成果:

• 2013年以来,43以上のcircRNAデータベースが確立されており,その多くは詳細な注釈と相互作用データを提供しています.
• 現在,データベースには RNA 配列データとキュレーションされた文献が含まれているため,植物を含む様々な種における circRNA の探索が簡素化されています.
• Circ2Traits,circBase,CircInteractome,CircNet,CircR2Disease,TSCD,CSCDなどの主要なデータベースが強調されています.

結論:

• 様々な生物学的プロセスや疾患におけるそれらの役割に関する研究を支援する,ますます多くのcircRNAデータベースが利用可能です.
• これらのリソースは,特に腫瘍学において,潜在的バイオマーカーとしてのcircRNAの識別を容易にする.
• これらの貴重なバイオインフォマティクスツールの標準化と継続的な更新を確保するために,継続的な努力が必要です.