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Updated: Sep 9, 2025

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Published on: May 31, 2012

ヒト参照アトラスの細胞型集団の構築と使用

Andreas Bueckle¹, Bruce W Herr¹, Lu Chen²

¹Department of Intelligent Systems Engineering, Luddy School of Informatics, Computing, and Engineering, Indiana University, Bloomington, IN, 47408, USA.

bioRxiv : the preprint server for biology

|September 2, 2025

まとめ

ヒューマン・レファレンス・アトラス・セル・タイプ・ポピュレーション (HRApop) は,解剖学的構造内のヒト細胞タイプを定量化します. このリソースは,3Dの体積と組織起源の細胞集団の予測を可能にします.

科学分野:

人間の解剖学
細胞生物学
バイオ情報学

背景:

ヒトの体には様々な種類の細胞と解剖学的構造があります
既存のアトラスは,特定の解剖学的な文脈内の限られた定量的な細胞型集団データを提供しています.
人体全体で細胞の種類をマッピングするには拡張可能で再現可能な方法が必要です

研究の目的:

解剖学的構造内のヒト細胞型集団の定量的な3Dフレームワークを開発する.
ヒューマン・レファレンス・アトラス・セル・タイプ・ポピュレーション (HRApop) のデータセットを作成する.
3Dボリュームと組織起源の細胞型分布の予測を可能にします.

主な方法:

高品質の単細胞 (sc) トランスクリプトミクスとプロテオミクスデータを利用した.
Azimuth,CellTypist,popVを用いたセル型アノテーション (CTann) のスケーラブルで再現可能なワークフローを採用した.
統合された662のsc-トランスクリプトミクスと104のsc-プロテオミクスデータセット,合計2700万以上の細胞.
17の臓器の230の位置に空間的に記録されたデータ

主要な成果:

HRApop v1.0は,73の解剖学的構造 (112の性別) の参照細胞型集団を提供します.
トランスクリプトミクスのデータから1100万以上の細胞の量化細胞タイプとバイオマーカーの発現.
統合プロテオミクスのデータは,アノテーション方法の汎用性を示した.
HRApopのデータセットには,合計27,619,613個のセルが含まれています.

結論:

HRApopは,ヒトの細胞型集団の定量的な3Dマップを提供します.
このリソースは人体内の細胞分布の予測を容易にする.
HRApopは,細胞集団に基づいて組織サンプルの空間的起源の決定を可能にします.

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