Search research articles

お問い合わせ

JoVEについて

概要リーダーシップブログ JoVEヘルプセンター

著者向け

出版プロセス編集委員会範囲と方針査読よくある質問投稿

図書館員向け

推薦の声購読アクセスリソース図書館諮問委員会よくある質問

研究

JoVE Journal Methods Collections JoVE Encyclopedia of Experiments アーカイブ

教育

JoVE Core JoVE Business JoVE Science Education JoVE Lab Manual 教員リソースセンター教員サイト

プライバシーポリシー

関連する概念動画

Chromatin Immunoprecipitation- ChIP

Chromatin Immunoprecipitation- ChIP

Chromatin immunoprecipitation, or ChIP, is an antibody-based technique used to identify sites on DNA that bind to transcription factors of interest or histone proteins. It also helps determine the type of histone modifications such as acetylation, phosphorylation, or methylation.
Types of ChIP
ChIP can be divided into two types - X-ChIP and N-ChIP. X-ChIP involves in vivo cross-linking of histones and regulatory proteins to DNA, fragmenting the DNA by sonication, and isolating the protein-DNA...

こちらも読む

関連記事

共著者、ジャーナル、引用グラフによってこの研究に関連する記事。

並び替え

Same author

TPCAV: Interpreting deep learning genomics models via concept attribution.

bioRxiv : the preprint server for biology·2026

Same author

Optimized ChIP-exo for mammalian cells and patterned sequencing flow cells.

G3 (Bethesda, Md.)·2025

Same author

Methylome differences among barley inbreds and their association with genomic, transcriptomic, and phenotypic variation.

Journal of experimental botany·2025

Same author

Chromatin state dynamics during the <i>Plasmodium falciparum</i> intraerythrocytic development cycle.

bioRxiv : the preprint server for biology·2025

Same author

Perspective on recent developments and challenges in regulatory and systems genomics.

Bioinformatics advances·2025

Same author

Distinct region-specific neutralization profiles of contemporary HIV-1 clade C against best-in-class broadly neutralizing antibodies.

Journal of virology·2025

Search research articles

関連する実験動画

Updated: May 7, 2026

Mapping the Emergent Spatial Organization of Mammalian Cells using Micropatterns and Quantitative Imaging

Mapping the Emergent Spatial Organization of Mammalian Cells using Micropatterns and Quantitative Imaging

Published on: April 30, 2019

哺乳類の細胞とパターン化されたシーケンシングフロー細胞のための最適化されたChIP-exo

Daniela Q James¹, Sohini Mukherjee¹, C Caiden Cannon¹

¹Center for Eukaryotic Gene Regulation, Department of Biochemistry and Molecular Biology, The Pennsylvania State University, University Park, PA 16802, USA.

bioRxiv : the preprint server for biology

|September 2, 2025

まとめ

高解像度で全ゲノムにわたるタンパク質とDNAの相互作用をマッピングするための簡素化された哺乳類最適化ChIP-exo (MO-ChIP-exo) プロトコルを提示します. この最適化された方法は,以前の技術的な障害を克服し,哺乳類の細胞研究へのアクセシビリティを向上させます.

キーワード:

CTCF について ChIP-exo について NGS について NS2000 についてクロマチンクロマチン免疫降水超音波による

さらに関連する動画

Multiplexed Single Cell mRNA Sequencing Analysis of Mouse Embryonic Cells

Multiplexed Single Cell mRNA Sequencing Analysis of Mouse Embryonic Cells

Published on: January 7, 2020

Simple, Affordable, and Modular Patterning of Cells using DNA

Simple, Affordable, and Modular Patterning of Cells using DNA

Published on: February 24, 2021

関連する実験動画

Last Updated: May 7, 2026

Mapping the Emergent Spatial Organization of Mammalian Cells using Micropatterns and Quantitative Imaging

Mapping the Emergent Spatial Organization of Mammalian Cells using Micropatterns and Quantitative Imaging

Published on: April 30, 2019

Multiplexed Single Cell mRNA Sequencing Analysis of Mouse Embryonic Cells

Multiplexed Single Cell mRNA Sequencing Analysis of Mouse Embryonic Cells

Published on: January 7, 2020

Simple, Affordable, and Modular Patterning of Cells using DNA

Simple, Affordable, and Modular Patterning of Cells using DNA

Published on: February 24, 2021

科学分野:

分子生物学
ゲノミクス
エピジェネティクス

背景:

Chromatin immunoprecipitation (ChIP) と外核酵素消化 (ChIP-exo) の組み合わせにより,全ゲノムにわたる高解像度タンパク質-DNA相互作用分析が可能となる.
ChIP-exoの広範な採用は,長いプロトコル,カスタム反応剤,およびシーケンシングプラットフォームの互換性によって制限されています.

研究の目的:

哺乳類の細胞と現在のシーケンシング技術のためのChIP-exoライブラリ構築プロトコルの最適化と適応.
頑丈で効率的な哺乳類に最適化された ChIP-exo (MO-ChIP-exo) プロトコルを開発する.

主な方法:

クロスリンク,細胞採取,DNAライブラリ構築のステップを体系的に最適化します.
サスペンション (K562) とアデレント (HepG2,mESC) 哺乳類の細胞系の両方に対するプロトコル調整
既存のChIP-exoプロトコルとの比較による検証

主要な成果:

MO-ChIP-exoプロトコルは,図書館の準備を大幅に簡素化しています.
多種多様な哺乳類の細胞の適応性と効率性を示した.
現在のシーケンシングプラットフォームに適した高品質のChIP-exoライブラリの生成に成功しました.

結論:

MO-ChIP-exoプロトコルは,標準のChIP-exoに関連した技術的な課題を効果的に解決しています.
哺乳類のシステムにおけるタンパク質-DNA相互作用の高解像度マッピングのためのよりアクセシブルで堅牢で効率的な方法を提供します.
ゲノムとエピゲノム研究におけるChIP-exoのより広範な適用を容易にする.