MRMAssayDB:標的型タンパク質分析のための包括的な統合リソース

科学分野:

• プロテオミクス
• バイオ情報学
• バイオテクノロジー

背景:

• 多重反応モニタリング (MRM) と並列反応モニタリング (PRM) のような方法を用いた定量プロテオミクスは,精密なタンパク質測定に不可欠です.
• 標的型プロテオミクスの試験の開発と検証は,既存のデータリポジトリにもかかわらず,時間がかかります.
• MRMAssayDBは,複数のソースから収集された標的型タンパク質分析データを統合しています.

研究 の 目的:

• 標的型プロテオミクスの測定データのための包括的で統合されたプラットフォームを作成します.
• 検証されたタンパク質型ペプチドと移行データのアクセシビリティと使いやすさを改善する.
• 研究者のための効率的な検査選択と定量パネルの開発を容易にする.

主な方法:

• MRMAssayDBプラットフォームは,標的型タンパク質分析データを集約し,注釈します.
• 最新のリリース (2021) には,146の生物の61,000のタンパク質をカバーする93万9,000のペプチドに対する110万以上の測定が含まれています.
• 新しい可視化モジュールは,ペプチドアッセイをアルファフォルドで予測された3Dタンパク質構造とタンパク質データバンク (PDB) 構造にマッピングします.

主要な成果:

• MRMAssayDBは,110万件以上の標的型タンパク質分析へのアクセスを提供しています.
• 遺伝子オントロジー用語と 4,000の生物学的経路をリンクしています
• 統合された可視化ツールは,ペプチドの位置,修正,および3Dタンパク質構造の変異の検査を可能にします.

結論:

• MRMAssayDBは,有効な標的型タンパク質分析へのアクセスを大幅に改善します.
• このプラットフォームは,検査の選択と定量パネルの構築プロセスを簡素化します.
• このリソースは,定量プロテオミクスの研究を進める研究者をサポートします.