Jove
Visualize
お問い合わせ
JoVE
x logofacebook logolinkedin logoyoutube logo
JoVEについて
概要リーダーシップブログJoVEヘルプセンター
著者向け
出版プロセス編集委員会範囲と方針査読よくある質問投稿
図書館員向け
推薦の声購読アクセスリソース図書館諮問委員会よくある質問
研究
JoVE JournalMethods CollectionsJoVE Encyclopedia of Experimentsアーカイブ
教育
JoVE CoreJoVE BusinessJoVE Science EducationJoVE Lab Manual教員リソースセンター教員サイト
利用規約
プライバシーポリシー
ポリシー

関連する概念動画

Improving Translational Accuracy02:07

Improving Translational Accuracy

11.8K
Base complementarity between the three base pairs of mRNA codon and the tRNA anticodon is not a failsafe mechanism. Inaccuracies can range from a single mismatch to no correct base pairing at all. The free energy difference between the correct and nearly correct base pairs can be as small as 3 kcal/ mol. With complementarity being the only proofreading step, the estimated error frequency would be one wrong amino acid in every 100 amino acids incorporated. However, error frequencies observed in...
11.8K

こちらも読む

関連記事

共著者、ジャーナル、引用グラフによってこの研究に関連する記事。

並び替え
Same author

Myofibroblast- specific autophagy drives cyst growth in autosomal dominant polycystic kidney disease.

bioRxiv : the preprint server for biology·2026
Same author

A comprehensive survey of computer vision methods for spatial transcriptomics.

Briefings in bioinformatics·2026
Same author

Multi-Organ Physiologic Deficits During Exercise Identify Clinical and Molecular Predisposition to Heart Failure with Preserved Ejection Fraction.

Circulation·2026
Same author

Proteogenomic Analysis of Coronary Artery Calcification in Human Populations.

Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology·2026
Same author

Signal Strength Aware Latent Spaces Reveal Molecularly Distinct Substructures within Human Kidney Tissue.

bioRxiv : the preprint server for biology·2026
Same author

Unbiased Characterization of Atrial Fibrillation Phenotypic Architecture Provides Insight Into Genetic Liability and Clinically Relevant Outcomes.

Circulation. Genomic and precision medicine·2026
Same journal

Optimal transport for label transfer in single-cell multi-omics integration.

Briefings in bioinformatics·2026
Same journal

Continuous multi-omics pathway enrichment analysis resolves hidden functional heterogeneity.

Briefings in bioinformatics·2026
Same journal

Evaluating completeness, coherence, and consistency of genome-scale function annotations.

Briefings in bioinformatics·2026
Same journal

Transformers for single-cell RNA sequencing: a survey.

Briefings in bioinformatics·2026
Same journal

CLABP: a contrastive learning framework integrating protein language models and structural information for antibacterial peptide prediction.

Briefings in bioinformatics·2026
Same journal

Toward the regularization of E value from BLAST similarity search into a dissimilarity measure as distance function, and the metrication of protein sequence space.

Briefings in bioinformatics·2026
関連記事をすべて見る

関連する実験動画

Updated: Sep 9, 2025

Spatial Profiling of Protein and RNA Expression in Tissue: An Approach to Fine-Tune Virtual Microdissection
09:19

Spatial Profiling of Protein and RNA Expression in Tissue: An Approach to Fine-Tune Virtual Microdissection

Published on: July 6, 2022

5.0K

stImage:カスタマイズ可能なディープヒストロジーと位置情報インテグレーションによる空間トランスクリプトーム解析の最適化のための汎用フレームワーク

Yu Wang1,2, Haichun Yang3, Ruining Deng4

  • 1Department of Biostatistics, Vanderbilt University Medical Center, 2525 West End Avenue, Suite 1100, Nashville, TN 37232, United States.

Briefings in bioinformatics
|September 4, 2025
PubMed
まとめ
この要約は機械生成です。

空間トランスクリプトミクス (ST) 分析は,stImage,遺伝子発現,組織学,空間データを統合したRパッケージによって強化されます. 組織構造の生物学的な洞察を 改善するための54の戦略を提示しています

キーワード:
ディープラーニングヒストロジー画像統合最適化する空間トランスクリプトミクス

さらに関連する動画

Spatially Compact Arrangement of Larval Zebrafish Sections for Spatial Transcriptomic Analysis
07:40

Spatially Compact Arrangement of Larval Zebrafish Sections for Spatial Transcriptomic Analysis

Published on: May 16, 2025

448
En face Cryosectioning of Mouse Retina for High-dimensional Spatial Molecular Analysis
08:57

En face Cryosectioning of Mouse Retina for High-dimensional Spatial Molecular Analysis

Published on: July 8, 2025

522

関連する実験動画

Last Updated: Sep 9, 2025

Spatial Profiling of Protein and RNA Expression in Tissue: An Approach to Fine-Tune Virtual Microdissection
09:19

Spatial Profiling of Protein and RNA Expression in Tissue: An Approach to Fine-Tune Virtual Microdissection

Published on: July 6, 2022

5.0K
Spatially Compact Arrangement of Larval Zebrafish Sections for Spatial Transcriptomic Analysis
07:40

Spatially Compact Arrangement of Larval Zebrafish Sections for Spatial Transcriptomic Analysis

Published on: May 16, 2025

448
En face Cryosectioning of Mouse Retina for High-dimensional Spatial Molecular Analysis
08:57

En face Cryosectioning of Mouse Retina for High-dimensional Spatial Molecular Analysis

Published on: July 8, 2025

522

科学分野:

  • ゲノミクス
  • バイオ情報学
  • コンピュータ生物学

背景:

  • 空間転写学 (ST) は遺伝子発現と組織空間を組み合わせている.
  • 現在のST方法は,しばしば空間座標または組織学を別々に分析します.
  • 既存のアプローチは,異なるデータセットで不一致なパフォーマンスを示しています.

研究 の 目的:

  • 全面的なST分析のためのオープンソースのRパッケージであるstImageを導入します.
  • 遺伝子発現,組織学,空間座標を統合した統一された枠組みを開発する.
  • STデータ統合の最適化のための柔軟な戦略を提供すること.

主な方法:

  • ディープラーニングによる ヒストロジーの特徴を生成する
  • stImage パッケージ内の54の統合戦略の実施
  • 戦略の選択を導くために 診断グラフを使用します

主要な成果:

  • stImageは,トランスクリプションプロファイル,組織学画像,空間情報を効果的に統合します.
  • パッケージは複数のデータセットで一貫したパフォーマンスを示します.
  • 診断グラフは,ユーザが最適な統合戦略を選択するのに役立ちます.

結論:

  • stImageは,空間トランスクリプトミクス解析のための包括的かつ柔軟なソリューションを提供します.
  • このパッケージは,生物学的洞察力を高めるために,多様なデータ型を統合することで,STを最適化します.
  • stImageは統合された分析を通して組織構造の理解を進める.