PRECOGの更新:小児科および免疫療法のコホートにおける遺伝子発現との臨床結果関連の拡張リソース

Brooks A Benard, Chinmay K Lalgudi, Ilayda Ilerten

bioRxiv : the preprint server for biology

|September 5, 2025

まとめ

PRECOGは現在,小児がんおよび免疫療法に関するデータを含み,様々ながんの種類と治療法における患者の生存に関連した遺伝子発現バイオマーカーの発見のための有用性を拡大しています.

科学分野:

腫瘍学
ゲノミクス
バイオ情報学

背景:

遺伝子発現プロファイルは癌の重要な予後および予測バイオマーカーとして機能します
PRECOGデータベースは,遺伝子発現と臨床結果の関連性を視覚化するための貴重なリソースを提供します.

研究の目的:

PRECOGのデータベースを新しい成人がんタイプ,小児科コホート,免疫療法を受けた患者のデータで拡張する.
患者の生存と治療への反応のための遺伝子発現ベースのバイオマーカーの発見を強化する.

主な方法:

新しい成人用,小児用 (PRECOG),免疫療法用 (ICI PRECOG) コーホートで増強されたPRECOG.
生存と応答との遺伝子発現関連性を分析するためにコックスとロジスティック回帰を用いた.
細胞型分数とその生存関連性を推定するために,計算式分解のためにCIBERSORTxを使用した.

主要な成果:

12の小児がんと20の免疫療法によるがんサブタイプに関する包括的なデータセットを追加しました.
すべてのコホートにおける遺伝子発現,細胞タイプ,生存結果の間の有意な関連性を特定した.
生存率のzスコアと視覚化を含むすべてのデータをインタラクティブな分析とダウンロードに利用できるようにしました

結論:

拡張されたPRECOGリソースは,がんバイオマーカーに関する前例のない洞察を提供します.
特定の治療法,患者集団 (小児を含む) および癌のタイプのバイオマーカーの発見を容易にする.
ゲノムプロフィールや患者の生存率や治療の有効性への影響について研究者が研究できるようにします

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