拡張スペクトルベータ・ラクタマースを生成するエンテロバクテリアの宿主内の進化速度のフィロダイナミックな推定

科学分野:

• 微生物学
• 進化生物学
• ゲノミクス

背景:

• 拡張スペクトルベータラクタマース (ESBL) を生成する腸細菌は臨床的に重要な病原体である.
• これらの細菌の宿主内での進化は十分に理解されていないため,効果的な治療と制御戦略を阻害しています.

研究 の 目的:

• ESBLを生成するEscherichia coliとKlebsiella pneumoniae種の複合体の宿主内での進化率を推定する.
• 将来の疫学および進化研究のために正確な進化率データを提供する.

主な方法:

• ゲノム配列データにフィロダイナミックモデルが組み込まれました.
• 63人の入院患者からの直腸のサンプルを分析した.
• 進化の速度は,場所ごとに年ごとに計算された.

主要な成果:

• 大腸菌の宿主内での平均進化率は,7.71e-07変異/場所/年と推定された.
• K. pneumoniae 種の複合体の宿主内での平均進化率は 4. 20e-07 変異/場所/年と推定された.
• 患者とシーケンスの種類によって進化率の変動は限られていた.

結論:

• この研究は,ESBLを生成する大腸菌とK.pneumoniaeの宿主内の進化率について,これまでで最も正確な推定値を提供します.
• これらの発見は 細菌の進化の理解を深め 公衆衛生の介入に役立つ不可欠なものです