クリック化学ベースのバイオチニレーションを用いた全ゲノムDNA複製タイミング分析のためのプロトコル
Deniz Gökbuget1, Kayla Lenshoek1, Robert Blelloch1
1The Eli and Edythe Broad Center of Regeneration Medicine and Stem Cell Research, Center for Reproductive Sciences, University of California, San Francisco, San Francisco, CA, USA; Department of Urology, University of California, San Francisco, San Francisco, CA, USA; Helen Diller Family Comprehensive Cancer Center, University of California, San Francisco, San Francisco, CA, USA.
STAR protocols
|September 5, 2025
まとめ
増殖する細胞の全ゲノムにわたる DNA複製のタイミングを マップする新しい方法である BioRepli-seq を開発しました このテクニックは,精密なRTプロファイリングのためにバイオチニレーションと次世代シーケンシングを使用します.
科学分野:
- ゲノミクス
- 分子生物学
- 細胞生物学
背景:
- DNA複製タイミング (RT) は,S段階のゲノム複製の細胞タイプ特異的な順序を定義します.
- RTを理解することは,ゲノム調節と細胞過程の解読に不可欠です.
研究 の 目的:
- ゲノム全体のRT決定のための新しいバイオチニレーションベースの方法であるBioRepli-seqを提示します.
- 増殖する細胞タイプにこのテクニックを適用するための詳細なプロトコルを提供すること.
主な方法:
- ヌクレオチドアナログパルスラベルとDNAコンテンツベースの細胞分類を使用します.
- バイオチニル化とDNAの断片化に クリック化学を使います
- 次世代のシーケンシング分析のためのオンビーズシーケンシングライブラリ生成が含まれています.
主要な成果:
- 精密なRT測定のためにバイオチニレーションを用いたRepli-seqを成功裏に適応させた.
- 様々な細胞の増殖に適合する 総合的なプロトコルを開発した
- ハイ・スループット・オートメーションと互換性を証明した.
結論:
- BioRepli-seqは,DNA複製のタイミングを研究するための堅牢で汎用的なアプローチを提供します.
- このプロトコルは,多様な細胞環境で全ゲノムRT分析を容易にする.
- この方法は,ゲノム組織と複製ダイナミクスの研究を進めます.
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