切断された馬の胎児から回収された株の完全なゲノム配列からゲノム洞察を得て,死前の糞便と死後の胎児のサンプルでNeorickettsia risticiiの検出

科学分野:

• 獣医学微生物学
• 馬の感染症
• ゲノミクス

背景:

• ネオリケチア・リスティキ (Neorickettsia risticii) は,馬におけるポトマック馬熱 (PHF) の原因となる細胞内細菌である.
• PHFは下痢,発熱,乳膜炎によって特徴づけられる.
• N. risticiiは,馬の妊娠中絶と関連付けられているが,包括的な研究,特に妊娠中絶した胎児のゲノム解析は欠けている.

研究 の 目的:

• 病気の馬と堕胎した馬の胎児におけるN. risticiiの流行を調査する.
• 妊娠中絶した馬の胎児から分離したN. risticiiのゲノム解析を行う.
• 馬のN. risticii感染に関する詳細な遡及的研究を提供すること.

主な方法:

• リアルタイムPCRにより,546匹の馬の糞便サンプルと833匹の馬の胎児結腸サンプルでN. risticiiが検出されました.
• MiSeqプラットフォームでのショットガンメタゲノムシーケンシングは,アーカイブされた胎児のサンプルからN. risticiiの全ゲノムシーケンシングに使用されました.
• ゲノムを組み立て,遺伝的変異を特定するために生物情報分析が行われました.

主要な成果:

• N. risticiiは,糞便の11. 5%と胎児の結腸の1. 08%で検出されました.
• 前死亡症例は5月から9月に発生し,胎児症例は9月から12月に確認された.
• N. risticii (株KY18-EqFetus) の完全なゲノムが組み立てられ,基準株と99. 72%の同一性を示し,2024の変種と3つの仮説的なタンパク質遺伝子の欠如を示した.

結論:

• この研究は,病気の馬と堕胎した馬の胎児の両方において,N. risticiiの存在を確認した.
• N. risticiiの最初の完全なゲノム配列を 直接妊娠中絶した馬の胎児から提供しています
• ゲノムデータは,馬の妊娠中絶に関連するN. risticiiの潜在的な遺伝的変異の洞察を提供します.