VirJenDB：すべてのウイルスのためのFAIR（メタ）データおよびバイオインフォマティクスプラットフォーム

科学分野:

• ウイルス学
• バイオインフォマティクス
• ゲノミクス

背景:

• 高スループットシーケンシングは、特にウイルス配列に関して、膨大な量の生物学的データを生成します。
• 既存のデータリポジトリには広範なキュレーションと品質管理が必要であり、データ量とリポジトリの複数性によりデータの再利用に課題が生じます。
• ウイルスメタデータのキュレーションの複雑さは、効率的なデータ管理とアクセスを妨げます。

研究 の 目的:

• バージョン管理されたコミュニティ主導のウイルス配列データのキュレーションとオントロジー開発のためのユーザーフレンドリーなプラットフォームであるVirJenDBを開発すること。
• 多様なソースからのウイルスメタデータを統合および標準化し、データアクセスと再利用を容易にすること。
• 高度な下流分析のためのウイルス操作分類単位（vOTU）などの新しいウイルスデータサブセットを作成すること。

主な方法:

• 約200のメタデータフィールドをカバーする16の異なるソースからウイルス配列および関連メタデータを摂取しました。
• 最大85のメタデータフィールドに対してコミュニティ主導のキュレーションプロセスを実装し、キュレーションされたデータを1540万のウイルス配列にリンクしました。
• 変異分析のために元の配列を保持する、0.91百万のウイルス操作分類単位（vOTU）配列の新しいコレクションを生成しました。

主要な成果:

• VirJenDBは、真核生物に感染するウイルスが88%、原核生物に感染するウイルスが残りのウイルス配列1540万件を統合しています。
• メタデータのキュレーションにおける大幅な進歩、最大85フィールドが洗練され、配列データにリンクされています。
• 新しいvOTUデータセット0.91百万配列が利用可能になり、元の配列とともに比較ゲノミクスおよび変異研究を強化します。

結論:

• VirJenDBは、ウイルスデータへのアクセスと再利用における課題を克服するための、中央集権化されたキュレーションされたリソースを提供します。
• このプラットフォームは、コミュニティ主導のキュレーションとオントロジー開発をサポートし、ウイルス学における共同研究を促進します。
• VirJenDBは、メタ解析、Webツールの統合、およびファージと真核生物のウイルスのメタデータスキーマ拡張を可能にすることにより、研究コミュニティを橋渡しすることを目指しています。