自動化されたMag-Netエンリッチメントによる、深部でコスト効率の高いLC-MSプラズマプロテオミクス

科学分野:

• プロテオミクス
• バイオマーカー発見
• 分析化学

背景:

• プラズマプロテオミクスは、生理学的および病理学的状態に関する洞察を提供します。
• プラズマ中の高存在量タンパク質は、低存在量タンパク質の検出を制限します。
• 最小侵襲性のプラズマサンプリングは、深部プロテオームプロファイリングに理想的です。

研究 の 目的:

• LC-MSプロテオミクスのための5つのプラズマタンパク質エンリッチメント法の比較。
• 高スループットプラズマプロテオミクスのためのコスト効率が高くスケーラブルな方法の最適化。
• プラズマプロテオームカバレッジの向上によるバイオマーカー発見の強化。

主な方法:

• LC-MSプロテオミクスを用いた未処理プラズマに対するMag-Net、ENRICHplus、ENRICHiST、EasySep、およびEXONETの比較。
• Biomek i5リキッドハンドラーでの自動化を含む、Mag-Netプロトコルの最適化。
• プロテオームカバレッジのためのProteonano、P2-iST Plasma、およびP2のような新しい方法の評価。

主要な成果:

• 5つの方法すべてで、未処理プラズマの7倍以上のタンパク質同定数（サンプルあたり最大4200個）が大幅に増加しました。
• 最適化および自動化されたMag-Netは、サンプルあたり最大4500個のタンパク質を、1日あたり100サンプルのスループットで低コストで生成しました。
• 新しい方法は、Mag-Netと比較してカバレッジが向上しましたが、コストが高くなる可能性があります。

結論:

• 合理化されたMag-Netエンリッチメントは、手頃な価格でスケーラブルな高スループットLC-MSプラズマプロテオミクスを可能にします。
• 最適化されたワークフローは、大規模な患者コホートにおけるバイオマーカー発見をサポートします。
• Mag-Netは、高存在量タンパク質を枯渇させながら、細胞外小胞関連タンパク質を効果的に濃縮します。