DDA-PASEF免疫ペプチドオミクス向けベンチマークソフトウェア

科学分野:

• 免疫ペプチドオミクス
• 質量分析（MS）
• プロテオミクス

背景:

• 質量分析は、ハイスループットな免疫ペプチド同定に不可欠です。
• 免疫ペプチド同定は、タンパク質分解特異性の欠如により、洗練されたアルゴリズムを必要とします。
• 免疫ペプチドオミクスデータ処理ソフトウェアの体系的な評価は不足しています。

研究 の 目的:

• 広く使用されているデータ依存取得（DDA）ベースの免疫ペプチドオミクス用ソフトウェアの包括的なベンチマーク。
• MaxQuant、FragPipe、PEAKS、MHCquantのパフォーマンス、同定信頼性、潜在的なバイアスの比較。
• データベースサイズが免疫ペプチド同定効率に与える影響の評価。

主な方法:

• JY細胞株からのThunder-DDA-PASEFデータを用いたMaxQuant、FragPipe、PEAKS、MHCquantのベンチマーク。
• 免疫ペプチド同定能力と信頼性レベルの評価。
• 同定に対する潜在的なバイアスとデータベースサイズの影響の分析。

主要な成果:

• 評価されたすべてのソフトウェアプラットフォームは、1% FDR制御と中〜高信頼性で、著名な免疫ペプチドを正常に同定しました。
• PEAKSは最も多くの免疫ペプチドを同定し、それに次いで商用ではない強力なオプションであるFragPipeが続きました。
• データベースサイズが大きいほど、異なるソフトウェアプラットフォームのパフォーマンスに可変的な負の影響がありました。

結論:

• この研究は、免疫ペプチドオミクスのための現在のMSデータ処理ツールの強みと限界に関する貴重な洞察を提供します。
• PEAKSとFragPipeは免疫ペプチド同定に推奨され、FragPipeは実行可能な代替手段となります。
• この発見は、質量分析データ解析に適したソフトウェアを選択する際に、免疫ペプチドオミクスコミュニティを支援します。