細菌ドラフトゲノムからのBGCの特定とキャプチャのための迅速かつ費用効果の高いパイプライン
Marco A Campos-Magaña1,2, Vitor A P Martins Dos Santos1,3, Luis Garcia-Morales2
1Dept. Bioprocess Engineering, Wageningen University and Research, Wageningen, the Netherlands.
Bio-protocol
|December 26, 2025
まとめ
この研究では、オックスフォードナノポアテクノロジーシーケンシングとバイオインフォマティクスを使用して、土壌細菌から新規天然物を発見するための費用効果の高いプロトコルを紹介します。この方法は、潜在的な医学的および生物工学的応用のためのかさ高い生合成遺伝子クラスターの迅速な同定とクローニングを可能にします。
科学分野:
- 微生物学
- ゲノミクス
- 天然物発見
背景:
- 次世代シーケンシング（NGS）およびゲノムマイニングは、微生物ゲノムにおける広大な化学的多様性を明らかにしました。
- 細菌は、顕著な生物工学的および医学的可能性を持つ特殊代謝物の豊富な供給源です。
主な方法:
- 長鎖DNAシーケンシングにオックスフォードナノポアテクノロジー（ONT）シーケンシングを利用しました。
- de novoゲノムアセンブリとantiSMASHを使用してBGCを特定しました。
- トランスフォーメーション関連組換え（TAR）クローニングを使用して、特定されたBGCをベクターに挿入しました。
結論:
- 開発されたプロトコルは、天然物発見のための強力で費用効果の高い戦略を提供します。
- この方法は、非リボソームペプチド、ポリケチド、およびRiPPのものを除く、多様なBGCのクローニングを容易にします。
- このプロトコルは、MinIONのようなアクセス可能な機器を使用したインハウスのオーバーナイトシーケンシングをサポートし、マルチプレキシングを可能にします。
