転写因子-ヌクレオソーム相互作用のSeEN-seqおよびクライオEM構造決定による統合解析プロトコル

科学分野:

• 分子生物学
• 遺伝学
• エピジェネティクス

背景:

• パイオニア転写因子（TF）は、分化や再プログラム化などの細胞プロセス中の遺伝子発現変化の開始に不可欠である。
• これらのTFは、ヌクレオソーム内にパッケージ化されていても、DNAモチーフにアクセスできる。

研究 の 目的:

• ヌクレオソーム上の潜在的な転写因子結合部位を体系的に同定するための新しいプロトコル、選択的エンゲージメントオンヌクレオソームシーケンシング（SeEN-seq）を提示する。
• パイオニアTF-ヌクレオソーム複合体の構造解析を可能にする。

主な方法:

• プロトコルには、ヌクレオソームライブラリの組み立てが含まれる。
• SeEN-seqアッセイの実行。
• 単粒子解析を用いたクライオ電子顕微鏡（cryo-EM）サンプルの調製。

主要な成果:

• SeEN-seqプロトコルは、ヌクレオソーム上のTF結合部位の同定を容易にする。
• これにより、構造決定に適した均質なパイオニアTF-ヌクレオソーム複合体の調製が可能になる。

結論:

• SeEN-seqは、パイオニアTFとヌクレオソームの相互作用を研究するための有用な方法である。
• このプロトコルは、クロマチン内でのTF媒介遺伝子調節の構造的基盤の理解に役立つ。