Search research articles

お問い合わせ

JoVEについて

概要リーダーシップブログ JoVEヘルプセンター

著者向け

出版プロセス編集委員会範囲と方針査読よくある質問投稿

図書館員向け

推薦の声購読アクセスリソース図書館諮問委員会よくある質問

研究

JoVE Journal Methods Collections JoVE Encyclopedia of Experiments アーカイブ

教育

JoVE Core JoVE Business JoVE Science Education JoVE Lab Manual 教員リソースセンター教員サイト

プライバシーポリシー

関連する概念動画

Evolutionary Relationships through Genome Comparisons

Evolutionary Relationships through Genome Comparisons

Genome comparison is one of the excellent ways to interpret the evolutionary relationships between organisms. The basic principle of genome comparison is that if two species share a common feature, it is likely encoded by the DNA sequence conserved between both species. The advent of genome sequencing technologies in the late 20th century enabled scientists to understand the concept of conservation of domains between species and helped them to deduce evolutionary relationships across diverse...

Phylogenetic Trees

Phylogenetic Trees

Phylogenetic trees come in many forms. It matters in which sequence the organisms are arranged from the bottom to the top of the tree, but the branches can rotate at their nodes without altering the information. The lines connecting individual nodes can be straight, angled, or even curved.

こちらも読む

関連記事

共著者、ジャーナル、引用グラフによってこの研究に関連する記事。

並び替え

Same author

An Adaptive Multi-Scale Manifold Embedding Preprocessing Framework for High-Dimensional Data Visualization.

IEEE transactions on visualization and computer graphics·2026

Same author

Flexible and scalable inference of spatially varying correlation in spatial transcriptomics with spCorr.

Genome research·2026

Same author

Interpretable scRNA-seq Analysis with Intelligent Gene Selection.

Applied biochemistry and biotechnology·2026

Same author

Survival prediction in stage II/III rectal cancer: Role of immune-inflammatory biomarkers post neoadjuvant chemoradiotherapy.

Oncology letters·2026

Same author

Phenotypic and genomic study of digital dermatitis in UK Holstein heifers.

BMC genomics·2026

Same author

Porcine epidemic diarrhea virus suppresses DHX9-mediated antiviral transcription through its nucleocapsid protein.

Communications biology·2026

Same journal

Demonstration of a quantum C-NOT gate in a time-multiplexed fully reconfigurable photonic processor.

Nature communications·2026

Same journal

Nonlinear quantum light source with van der Waals ferroelectric NbOX<sub>2</sub> (X = Br, I).

Nature communications·2026

Same journal

Antagonistic histone H2A variants and autonomous heterochromatin formation shape epigenomic patterns in Arabidopsis.

Nature communications·2026

Same journal

The long tail of nitrate pollution in groundwater challenges governance of global water quality.

Nature communications·2026

Same journal

Select microbial metabolites promote tau aggregation in a murine tauopathy model.

Nature communications·2026

Same journal

Warming climate has lengthened global intense tropical cyclone seasons.

Nature communications·2026

関連記事をすべて見る

Search research articles

関連する実験動画

Updated: Jan 7, 2026

Comprehensive Workflow for the Genome-wide Identification and Expression Meta-analysis of the ATL E3 Ubiquitin Ligase Gene Family in Grapevine

Comprehensive Workflow for the Genome-wide Identification and Expression Meta-analysis of the ATL E3 Ubiquitin Ligase Gene Family in Grapevine

Published on: December 22, 2017

CellScope: 高性能な細胞アトラスワークフローとツリー構造表現

Bingjie Li^1,2, Runyu Lin¹, Tianhao Ni^1,3

¹Department of Statistics and Data Science, National University of Singapore, Singapore, Singapore.

Nature communications

|December 30, 2025

まとめ

この要約は機械生成です。

CellScopeは、単一細胞シーケンスデータを分析するための新しいフレームワークであり、複数の生物学的レベルにわたる細胞階層の詳細な視覚化を可能にします。このツールは、細胞の不均一性と機能の理解を深め、疾患研究に応用できる可能性があります。

キーワード:

単一細胞シーケンス細胞アトラス階層的クラスタリング計算生物学ゲノミクス

さらに関連する動画

Visualization and Quantification of High-Dimensional Cytometry Data using Cytofast and the Upstream Clustering Methods FlowSOM and Cytosplore

Visualization and Quantification of High-Dimensional Cytometry Data using Cytofast and the Upstream Clustering Methods FlowSOM and Cytosplore

Published on: December 12, 2019

Array Tomography Workflow for the Targeted Acquisition of Volume Information using Scanning Electron Microscopy

Array Tomography Workflow for the Targeted Acquisition of Volume Information using Scanning Electron Microscopy

Published on: July 15, 2021

関連する実験動画

Last Updated: Jan 7, 2026

Comprehensive Workflow for the Genome-wide Identification and Expression Meta-analysis of the ATL E3 Ubiquitin Ligase Gene Family in Grapevine

Comprehensive Workflow for the Genome-wide Identification and Expression Meta-analysis of the ATL E3 Ubiquitin Ligase Gene Family in Grapevine

Published on: December 22, 2017

Visualization and Quantification of High-Dimensional Cytometry Data using Cytofast and the Upstream Clustering Methods FlowSOM and Cytosplore

Visualization and Quantification of High-Dimensional Cytometry Data using Cytofast and the Upstream Clustering Methods FlowSOM and Cytosplore

Published on: December 12, 2019

Array Tomography Workflow for the Targeted Acquisition of Volume Information using Scanning Electron Microscopy

Array Tomography Workflow for the Targeted Acquisition of Volume Information using Scanning Electron Microscopy

Published on: July 15, 2021

科学分野:

ゲノミクス
計算生物学
バイオインフォマティクス

背景:

単一細胞シーケンスは、高解像度の細胞プロファイリングを提供します。
既存の分析フレームワークは、複数の生物学的レベルにわたる細胞階層を同時に視覚化するのに苦労しています。

研究の目的:

マルチレベル、高解像度の細胞アトラスを構築するための新しいフレームワークであるCellScopeを導入します。
階層的視覚化のための現在の単一細胞データ分析の限界に対処します。

主な方法:

CellScopeは、遺伝子選択とノイズリダクションのために2段階のマニホールドフィッティングを利用します。
凝集クラスタリングは、UMAP視覚化と階層的クラスタリングと組み合わされています。
このフレームワークは、系統、タイプ、サブタイプのレベルで細胞の関係を直感的に表します。

主要な成果:

CellScopeは、クラスタリングパフォーマンスと視覚化の明瞭さにおいて、SeuratやScanpyなどの確立されたパイプラインを上回っています。
計算効率、アルゴリズムの解釈可能性、およびハイパーパラメータ依存性の低減を改善します。
このフレームワークは、他の方法では見逃されていた新しい生物学的洞察を明らかにします。

結論:

CellScopeは、単一細胞データ分析と細胞アトラス構築のための強力な新しいツールを提供します。
細胞の不均一性と機能の理解を深めます。
このフレームワークは、これまで検出できなかった生物学的洞察を明らかにすることにより、疾患研究に応用できる可能性があります。