臨床検体におけるウイルス検出感度と包括的な微生物検出のバランスをとるteamNGS
Julie Yamaguchi1,2, Gregory S Orf1,2, Jenna Malinauskas1,2
1Infectious Disease Research, Abbott Laboratories, Abbott Park, IL 60064, USA.
Microorganisms
|December 31, 2025
まとめ
ターゲットエンリッチメントは、メタゲノム次世代シーケンシング（mNGS）におけるウイルス検出感度とゲノムカバレッジを大幅に向上させます。ターゲットエンリッチメント（teNGS）とmNGSを組み合わせたteamNGSは、ワークフローを合理化し、ウイルスおよび非ウイルス性微生物の回収を改善します。
科学分野:
- ウイルス学
- ゲノミクス
- バイオインフォマティクス
背景:
- メタゲノム次世代シーケンシング（mNGS）は、宿主のバックグラウンド干渉と低いウイルス検出感度という課題に直面しています。
- プローブベースのキャプチャは、複雑なサンプル中のターゲット核酸を濃縮するための有望なソリューションを提供します。
研究 の 目的:
- mNGSを使用した臨床検体中のウイルス検出のための高感度かつ費用効果の高い方法を開発および評価すること。
- ターゲットエンリッチメント（teNGS）プロトコルを最適化し、標準的なmNGSワークフローに統合すること。
主な方法:
- グローバルな臨床検体からランダムプライミングとNextera XTタギメンテーションを使用してmNGSライブラリを生成しました。
- 包括的ウイルス研究パネル（CVRP）プローブを使用してターゲットエンリッチメント（teNGS）を実行しました。
- キャプチャプールサイズとシーケンス深度を最適化し、teNGSおよびmNGSライブラリを単一のシーケンス実行（teamNGS）に結合しました。
主要な成果:
- teNGSは、標準的なmNGSリードのわずか3-4%しか使用せずに、力価が1000 cp/mL以上のウイルスに対して100〜10,000倍の深さと50%以上のゲノムカバレッジを達成しました。
- teamNGSは、ウイルスの感度とカバレッジを維持しながら、非ウイルス性微生物の包括的な回収を保証しながら、ゲノム回収率を改善しました。
- この方法により、多様なウイルス科が検出され、ハイブリダイゼーションの最小ヌクレオチド同一性が65%であることが確立されました。
結論:
- teamNGSは、臨床サンプルにおけるウイルス検出感度とゲノム回収率を大幅に向上させます。
- この合理化されたアプローチは効率を改善し、不要な検査と抗生物質の使用を減らすことによって患者管理を最適化する可能性があります。
