CyExpDB：機能ゲノミクスにおけるコイ科魚類の種特異的遺伝子発現のためのウェブベースマルチスペーシーズプラットフォーム

科学分野:

• ゲノミクスおよびバイオインフォマティクス
• 水産養殖および漁業科学

背景:

• 淡水魚、特にコイ科は、世界の食料安全保障と経済発展にとって重要です。
• 主要なコイ科種の機能ゲノミクスと育種の進歩は、包括的なトランスクリプトームデータの制限によって妨げられています。

研究 の 目的:

• 主要な淡水コイ科魚種のトランスクリプトームデータの集中化されたアクセス可能なデータベースを作成する。
• 機能ゲノミクス研究、分子育種、および魚類の進化研究を促進する。

主な方法:

• 190のBioProjectからの1582のRNA-seqサンプルの体系的な分析。
• コイ、ギベリウス、キンギョ、ローヒタ、アオウオの5種にわたる107の組織および細胞型をカバーするデータの統合。
• 高度な視覚化および分析ツールを備えたリレーショナル遺伝子発現データベースであるCyExpDBの開発。

主要な成果:

• スケーラブルなリレーショナルデータベースであるCyExpDB（https://cyexpdb.abrl.in/）を確立しました。
• コーディング遺伝子および非コーディング遺伝子の発現を取得、フィルタリング、および視覚化するためのユーザーフレンドリーなインターフェイス。
• 組織特異的遺伝子（タウスコア）、機能アノテーション（GO、KEGG）、およびパスウェイエンリッチメントを特定するためのツール。

結論:

• CyExpDBは、水産養殖、進化生物学、および分子育種の研究者にとって非常に貴重なリソースを提供します。
• このデータベースは、魚類の生物学における発見を加速し、形質改善を支援し、保全の取り組みをサポートします。
• 淡水魚の研究を進歩させるための詳細なトランスクリプトーム探索を促進します。