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Ribosome Profiling02:24

Ribosome Profiling

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Ribosome profiling or ribo-sequencing is a deep sequencing technique that produces a snapshot of active translation in a cell. It selectively sequences the mRNAs protected by ribosomes to get an insight into a cell’s translation landscape at any given point in time.
Applications of ribosome profiling
Ribosome profiling has many applications, including in vivo monitoring of translation inside a particular organ or tissue type and quantifying new protein synthesis levels.
The technique...
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Regulation of Expression at Multiple Steps01:23

Regulation of Expression at Multiple Steps

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The gene expression in cells is regulated at different stages: (i) transcription, (ii) RNA processing, (iii) RNA localization, and (iv) translation. Transcriptional regulation is mediated by regulatory proteins such as transcription factors, activators, or repressors—these control gene expression by initiating or inhibiting the transcription of genes. Once a precursor or pre-mRNA is produced, it undergoes post-transcriptional modification, including 5' capping, splicing, and the...
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Regulation of Expression Occurs at Multiple Steps02:24

Regulation of Expression Occurs at Multiple Steps

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Gene expression can be regulated at almost every step from gene to protein. Transcription is the step that is most commonly regulated. This involves the binding of proteins to short regulatory sequences on the DNA. This association can either promote or inhibit the transcription of a gene associated with the respective sequence.
Transcription results in the generation of precursor (pre-mRNA) that consists of both exons and introns, which needs further processing before being translated to a...
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Regulation of Expression Occurs at Multiple Steps02:24

Regulation of Expression Occurs at Multiple Steps

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Cis-regulatory Sequences02:02

Cis-regulatory Sequences

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Cis-regulatory sequences are short fragments of non-coding DNA that are present on the same chromosomes as the genes that they regulate. These fragments serve as binding sites for transcriptional regulators, proteins that are responsible for controlling gene transcription and differential gene expression across cell types in eukaryotes. Cis-regulatory sequences can be close to the gene of interest or thousands of bases away in the DNA sequence; however, those sequences that are further away are...
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Cis-regulatory Sequences02:02

Cis-regulatory Sequences

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SPLISOSMによる空間的トランスクリプトームデータからのアイソフォームと調節メカニズムのマッピング

Jiayu Su1,2,3, Yiming Qu4, Megan Schertzer5

  • 1Program for Mathematical Genomics, Columbia University, New York, NY, USA. js5756@cumc.columbia.edu.

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まとめ
この要約は機械生成です。

空間的トランスクリプトームデータにおけるトランスクリプト多様性をマッピングするためにSPLISOSMを開発した。この手法は、神経精神疾患および癌に関連する脳における数千の空間的に変動するスプライシングイベントを明らかにする。

キーワード:
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科学分野:

  • ゲノミクス
  • 神経科学
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背景:

  • スプライシングや代替3'末端の使用を含むトランスクリプト多様性は、細胞機能に不可欠であるが、その空間的調節は不明である。
  • 空間的トランスクリプトームは、組織の文脈における遺伝子発現を研究する方法を提供する。

研究 の 目的:

  • 空間的トランスクリプトームデータにおけるアイソフォーム分解能パターンの検出方法を開発すること。
  • 正常および腫瘍性条件下でのマウスおよびヒト脳における空間的トランスクリプト多様性を分析すること。

主な方法:

  • 多変量検定とノンパラメトリックカーネルを使用した、SPLISOSM（空間的アイソフォーム統計モデリング）を導入した。
  • 神経膠芽腫を含むマウスおよびヒト脳サンプルからの空間的トランスクリプトームデータにSPLISOSMを適用した。

主要な成果:

  • 神経精神疾患に関連するシナプスシグナル伝達経路に富む、マウス脳における1,000を超える空間的に変動するトランスクリプト多様性イベントを同定した。
  • マウスとヒトの前頭前野における保存された空間的スプライシングパターンを明らかにした。
  • 抗原提示および接着遺伝子、および特定の微小環境に関連するヒト神経膠芽腫における広範なトランスクリプト多様性を明らかにした。

結論:

  • SPLISOSMは、スパースデータであっても、空間的トランスクリプト多様性の強力な統計分析を可能にする。
  • 空間的トランスクリプト多様性は、脳機能、神経精神疾患、および癌において重要な役割を果たしている。
  • 本研究は、健康と疾患における脳の包括的な空間的スプライシング分析を提供する。