SquiDBase：微生物のナノポア生データのコミュニティリソース

科学分野:

• ゲノム科学;バイオインフォマティクス;微生物学

背景:

• ヌクレオチド配列はFASTQ/BAM形式で共有されますが、多様なプラットフォーム固有の生データに由来します。Oxford Nanopore Technologies（ONT）の生シグナルデータには、ベースキャリバーの最適化と修飾検出のための生物学的洞察が含まれています。生のナノポアデータの共有は、技術的な問題と標準化されたインフラストラクチャの欠如によって妨げられています。

研究 の 目的:

• 生の微生物ナノポアシーケンスデータを一元管理するリポジトリを確立すること。貴重な生のナノポアシーケンスデータの保存と共有における制限を克服すること。計算ツールの開発をサポートし、オープンサイエンスの実践を強化すること。

主な方法:

• 処理済みデータとメタデータにリンクされた、生の微生物ナノポアシーケンスデータのリポジトリであるSquiDBaseを開発しました。生のナノポアデータからヒト由来のリードを自動的に除去するためのNextflowパイプラインであるSquiDPipeを作成しました。臨床的に関連のある24種類のウイルスをシーケンスし、公開されている参照データセットとコミュニティからの貢献を統合しました。

主要な成果:

• 生の微生物ナノポアシーケンスデータ専用のオープンアクセスプラットフォームであるSquiDBaseを確立しました。生のナノポアデータからヒト由来のリードを自動的に除去する機能を実装しました。ウイルスデータや参照データを含む多様なデータセットをリポジトリに統合しました。

結論:

• SquiDBaseは、生のデータ共有、再現性、およびナノポアシーケンスのための計算ツールの開発を促進します。このプラットフォームは、微生物ゲノムコミュニティ内のオープンサイエンスの原則をサポートします。生のナノポアデータの管理と利用における重要なインフラストラクチャのギャップに対処します。